RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM89	A2RUT3	159 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RNASEK-C17orf49	H0YIS7	233 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC159	P0C7I6	412 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OCM2	P0CE71	109 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OCM	P0CE72	109 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CALCB	P10092	127 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	BCL3	P20749	454 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	NPBWR2	P48146	333 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	COL10A1	Q03692	680 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	KLRD1	Q13241	179 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	LAIR2	Q6ISS4	152 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	C12orf54	Q6X4T0	127 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	C1orf122	Q6ZSJ8	110 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	LHFPL2	Q6ZUX7	228 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	MKX	Q8IYA7	352 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	C8orf59	Q8N0T1	100 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR4M1	Q8NGD0	313 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GGH	Q92820	318 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZCCHC4	Q9H5U6	513 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF19	Q9NS68	423 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IL36RN	Q9UBH0	155 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DIMT1	Q9UNQ2	313 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SIRT4	Q9Y6E7	314 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	HSPE1-MOB4	S4R3N1	261 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TRBV23-1	A0A0A0MS06	115 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1W2PRD5	423 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1W2PRF3	423 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1W2PRM7	423 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		H0YAE9	185 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		M0R1W7	72 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ANGPTL7	O43827	346 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TK1	P04183	234 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RPL31	P62899	125 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ST3GAL4	Q11206	333 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PDZK1IP1	Q13113	114 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RPL22L1	Q6P5R6	122 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CRIP3	Q6Q6R5	217 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	METAP1D	Q6UB28	335 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		Q6YL49	198 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TMPRSS11A	Q6ZMR5	421 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ASCC1	Q8N9N2	400 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	HAVCR2	Q8TDQ0	301 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TSEN15	Q8WW01	171 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RGP1	Q92546	391 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF14	Q92956	283 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	EMG1	Q92979	244 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A28	Q96A46	364 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SPSB1	Q96BD6	273 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM80	Q96HE8	168 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZMAT3	Q9HA38	289 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	NOX4	Q9NPH5	578 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RBFOX1	Q9NWB1	397 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DHDH	Q9UQ10	334 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	EXOSC1	Q9Y3B2	195 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179		A0A0U1RQK1	487 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	ERICH4	A6NGS2	130 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	CLDN34	H7C241	214 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179		K7N7A8	449 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	XPNPEP2	O43895	674 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	CYB5A	P00167	134 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	LALBA	P00709	142 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1D-12	P01611	117 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	MT-ND2	P03891	347 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	CHRM2	P08172	466 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	MYL12A	P19105	171 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	DUSP1	P28562	367 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	SOX2	P48431	317 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	SNU13	P55769	128 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	SLC34A1	Q06495	639 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	BLMH	Q13867	455 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	CDK5R1	Q15078	307 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC58	Q4VC31	144 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM200B	Q69YZ2	307 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	SERPINA12	Q8IW75	414 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	FAM58A	Q8N1B3	248 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	PNKD	Q8N490	385 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	PARP16	Q8N5Y8	322 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	OR5D14	Q8NGL3	314 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	NRG4	Q8WWG1	115 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	FAM234A	Q9H0X4	552 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	METTL8	Q9H825	291 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	BABAM2	Q9NXR7	383 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM82	A0PJX8	343 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	OGG1	O15527	345 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF737	O75373	536 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	HAND1	O96004	215 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	MELTF	P08582	738 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	HCK	P08631	526 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	RPSA	P08865	295 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	HKR1	P10072	659 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	PRKACA	P17612	351 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-223	ENST00000629179	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55

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