RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 OR13C9Q8NGT0 318 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 FBXO4Q9UKT5 387 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLC17A4Q9Y2C5 497 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GOSR1O95249 250 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PAPLNO95428 1278 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 MARCH8Q5T0T0 291 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PXDC1Q5TGL8 231 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LINC00346Q8IVM7 164 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF749O43361 778 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 EN2P19622 333 aaPredicted RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PXNP49023 591 aaPredicted RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 OR51A4Q8NGJ6 313 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF775Q96BV0 537 aaPredicted RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TNFRSF13CQ96RJ3 184 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PLK3Q9H4B4 646 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GALNT9Q9HCQ5 603 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ARL2-SNX15V9GYD0 113 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 A6NIN4 97 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 UMAD1C9J7I0 102 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ALPLP05186 524 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SUMF1Q8NBK3 374 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PLPP7Q8NBV4 271 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PXT1Q8NFP0 134 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GPR37O15354 613 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TCRBP04435 133 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 NOVA1P51513 510 aaKnown RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GPR85P60893 370 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 HTR4Q13639 388 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 MS4A8Q9BY19 250 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF586Q9NXT0 402 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLCO1B1Q9Y6L6 691 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD61A6NGH8 418 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SSBP1Q04837 148 aaKnown RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TESK1Q15569 626 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC5GQ8N7S2 189 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 UBTD2Q8WUN7 234 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 N4BP2Q86UW6 1770 aaPredicted RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 P2RY10O00398 339 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LSRQ86X29 649 aaPredicted RBP8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 EDARADDQ8WWZ3 215 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 POM121L2Q96KW2 1035 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GABARAPL1Q9H0R8 117 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLC35D1Q9NTN3 355 aa8.55□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TERTO14746 1132 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ADAM11O75078 769 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TSPAN12O95859 305 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLC5A12Q1EHB4 618 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 FCRL6Q6DN72 434 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TMEM130Q8N3G9 435 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TXLNGYQ9BZA5 131 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 WDR87Q6ZQQ6 2873 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PDGFBP01127 241 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 CRYABP02511 175 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 PTBP1P26599 531 aaKnown RBP eCLIP8.54□□□□□ -1.044e-11■■■■■ 42.8
CUX1-201ENST00000292535 TRIM23P36406 574 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SIX1Q15475 284 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF485Q8NCK3 441 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TMEM104Q8NE00 496 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 MRPS24Q96EL2 167 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 A0A087WZY1 265 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 RPL7P18124 248 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 CST5P28325 142 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ETV1P50549 477 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 BAMBIQ13145 260 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ERV3-1Q14264 604 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SPCS2Q15005 226 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 MOB1BQ7L9L4 216 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 UBE2ZQ9H832 354 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 CXXC1Q9P0U4 656 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF787Q6DD87 383 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GDF7Q7Z4P5 450 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 KCNG2Q9UJ96 466 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LRRC3CA6NJW4 275 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LINC01387J3KSC0 135 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 KIAA1024LP59773 190 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ZNF85Q03923 595 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 WBP2Q969T9 261 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 GLIPR2Q9H4G4 154 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TMEM265A0A087WTH1 108 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 NCBP2LA6PVI3 153 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 NRASP01111 189 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TPMTP51580 245 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 WFDC8Q8IUA0 241 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SIRT6Q8N6T7 355 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLC38A9Q8NBW4 561 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 STRAPQ9Y3F4 350 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LAMB1P07942 1786 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 SLC25A6P12236 298 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 RPS16P62249 146 aaKnown RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 C18orf63Q68DL7 685 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ABI3BPQ7Z7G0 1075 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD10Q9NXR5 420 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 A3GALT2U3KPV4 340 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 YIF1AO95070 293 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 CLDN12P56749 244 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 IAH1Q2TAA2 248 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LRRC10Q5BKY1 277 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LOC107986453A0A1B0GWG9 222 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 TBXA2RP21731 343 aa8.54□□□□□ -1.04
CUX1-201ENST00000292535 LAT2Q9GZY6 243 aa8.54□□□□□ -1.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.5 ms