RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	IGFBP5	P24593	272 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SDHA	P31040	664 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GIPR	P48546	466 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CENPA	P49450	140 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SELENOP	P49908	381 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DAP	P51397	102 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ALDH3A2	P51648	485 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CRISP1	P54107	249 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	BSPH1	Q075Z2	132 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CD47	Q08722	323 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DAG1	Q14118	895 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	MELK	Q14680	651 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GINS1	Q14691	196 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	P2RY6	Q15077	328 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TAB1	Q15750	504 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	LRRC36	Q1X8D7	754 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	PGGHG	Q32M88	737 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	THEM4	Q5T1C6	240 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	C6orf52	Q5T4I8	152 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OR7E24	Q6IFN5	339 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ZNF770	Q6IQ21	691 aa	Predicted RBP	7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DNM1P34	Q6PK57	102 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DNM1P46	Q6ZS02	220 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	HS3ST5	Q8IZT8	346 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CBR4	Q8N4T8	237 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ARIH2OS	Q8N7S6	290 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ZIC4	Q8N9L1	334 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SYT14	Q8NB59	555 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ZNF555	Q8NEP9	628 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	STEAP2	Q8NFT2	490 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	HTRA1	Q92743	480 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	UBE2F	Q969M7	185 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OTULIN	Q96BN8	352 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520		Q96M66	194 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GPA33	Q99795	319 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	C19orf24	Q9BVV8	132 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ULBP2	Q9BZM5	246 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ESRP2	Q9H6T0	727 aa	Known RBP	7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	EGLN3	Q9H6Z9	239 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	IL20	Q9NYY1	176 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GLTP	Q9NZD2	209 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	KLHL21	Q9UJP4	597 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RRP15	Q9Y3B9	282 aa	Known RBP	7.62	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DPRX	A6NFQ7	191 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	NPIPB13	A6NJU9	1138 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RIIAD1	A6NNX1	92 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	NPIPB4	C9JG80	1138 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SOCS2	O14508	198 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TRMU	O75648	421 aa	Known RBP	7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SOX14	O95416	240 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R3D	O95685	299 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	QDPR	P09417	244 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN19	P0C672	248 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	PAICS	P22234	425 aa	Known RBP	7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	MPG	P29372	298 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	NUDT6	P53370	316 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	STK11	Q15831	433 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SNAPC1	Q16533	368 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SLC36A3	Q495N2	470 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TSPO2	Q5TGU0	170 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	KDM4D	Q6B0I6	523 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	FAHD1	Q6P587	224 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	KLHL17	Q6TDP4	642 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZT83	130 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	C20orf196	Q8IYI0	205 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GALNT4	Q8N4A0	578 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ASB10	Q8WXI3	467 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	FAM168A	Q92567	244 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	MUCL1	Q96DR8	90 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OR2M2	Q96R28	347 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TRAF4	Q9BUZ4	470 aa	Predicted RBP	7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ALG12	Q9BV10	488 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	LINC00470	Q9BZP3	86 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GABARAPL1	Q9H0R8	117 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OR10A4	Q9H209	315 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RIBC2	Q9H4K1	309 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RERGL	Q9H628	205 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	NGB	Q9NPG2	151 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	NRIP3	Q9NQ35	241 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CISD1	Q9NZ45	108 aa	Known RBP	7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	B3GAT1	Q9P2W7	334 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	PRSS50	Q9UI38	385 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ANK2	Q01484	3957 aa		7.61	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TEX13C	A0A0J9YWL9	993 aa		7.6	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	EI24	O14681	340 aa		7.6	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ARPC3	O15145	178 aa		7.6	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TRAF3IP2	O43734	574 aa	Predicted RBP	7.6	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	MGRN1	O60291	552 aa		7.6	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	FARS2	O95363	451 aa	Known RBP	7.6	□□□□□ -1.19

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38 ms