RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000607882.5

RABGEF1-209, Transcript of RAB guanine nucleotide exchange factor 1, human

TSL 2

Gene RABGEF1, Length 2,654 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RABGEF1-209	ENST00000607882	PIWIL3	Q7Z3Z3	882 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	IL17RD	Q8NFM7	739 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CMTM7	Q96FZ5	175 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MAGED4	Q96JG8	741 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF717	Q9BY31	904 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR8D2	Q9GZM6	311 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CLDN16	Q9Y5I7	305 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC1A7	O00341	560 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CYR61	O00622	381 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	XPNPEP2	O43895	674 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	BCAS1	O75363	584 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SEC22B	O75396	215 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	WDPCP	O95876	746 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RFC3	P40938	356 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ARG2	P78540	354 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	STX4	Q12846	297 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	LAPTM4A	Q15012	233 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SPINK14	Q6IE38	97 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MYO7B	Q6PIF6	2116 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	BTLA	Q7Z6A9	289 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	TTL	Q8NG68	377 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	TRUB1	Q8WWH5	349 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	WBP1	Q96G27	269 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	IMMP1L	Q96LU5	166 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RDH12	Q96NR8	316 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	LPAR4	Q99677	370 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ALOXE3	Q9BYJ1	711 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ANKRA2	Q9H9E1	313 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	STMN3	Q9NZ72	180 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	KCMF1	Q9P0J7	381 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	NTNG1	Q9Y2I2	539 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RGS14	O43566	566 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CEACAM4	O75871	244 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SCGB1D2	O95969	90 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	HP	P00738	406 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	GSN	P06396	782 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SFTPC	P11686	197 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	POR	P16435	677 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	TNNI3	P19429	210 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	PTGS2	P35354	604 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	KRT20	P35900	424 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	DCT	P40126	519 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	OPRL1	P41146	370 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	KLRB1	Q12918	225 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	EPS8	Q12929	822 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MRPL49	Q13405	166 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RGS21	Q2M5E4	152 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	LIPJ	Q5W064	366 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	IGFN1	Q86VF2	1251 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ANKRD46	Q86W74	232 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	EID3	Q8N140	333 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	BEST3	Q8N1M1	668 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SIMC1	Q8NDZ2	872 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR1N1	Q8NGS0	311 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CHPT1	Q8WUD6	406 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR52E6	Q96RD3	313 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	11.61	□□□□□ -0.55	2e-7	■■■□□ 14.6
RABGEF1-209	ENST00000607882	ASF1B	Q9NVP2	202 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	AASS	Q9UDR5	926 aa		11.61	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CSMD1	Q96PZ7	3565 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882		A0A1W2PR48	441 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ULK1	O75385	1050 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SERPINA1	P01009	418 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	BSG	P35613	385 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ALDH9A1	P49189	494 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ISL1	P61371	349 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	OC90	Q02509	493 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CADM3	Q8N126	398 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SVOPL	Q8N434	492 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	C1orf52	Q8N6N3	182 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	LSMEM1	Q8N8F7	131 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	L3MBTL4	Q8NA19	623 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF540	Q8NDQ6	660 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	RGMA	Q96B86	450 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SMAD5	Q99717	465 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	NEK6	Q9HC98	313 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF407	Q9C0G0	2248 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882		G3V3Y1	287 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882		H0YIV9	168 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MITF	O75030	526 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ALPP	P05187	535 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	S100A6	P06703	90 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CYP4B1	P13584	511 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	BCAP31	P51572	246 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	IL1RL1	Q01638	556 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	GALNT5	Q7Z7M9	940 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MICU2	Q8IYU8	434 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	PARP8	Q8N3A8	854 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	MUL1	Q969V5	352 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	SNRNP40	Q96DI7	357 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	NODAL	Q96S42	347 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF700	Q9H0M5	742 aa		11.6	□□□□□ -0.55
RABGEF1-209	ENST00000607882	CDCP1	Q9H5V8	836 aa		11.6	□□□□□ -0.55

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