RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	HERVK_113	P63132	956 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ERVK-8	P63133	956 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	EEF1A1	P68104	462 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SIRPA	P78324	504 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	GPS1	Q13098	491 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RCN2	Q14257	317 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SLBP	Q14493	270 aa	Known RBP eCLIP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	EBP	Q15125	230 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ETFDH	Q16134	617 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ADPRM	Q3LIE5	342 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	KBTBD12	Q3ZCT8	623 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	BEX5	Q5H9J7	111 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TIGD3	Q6B0B8	471 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF793	Q6ZN11	406 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	DNM1P46	Q6ZS02	220 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SLC29A4	Q7RTT9	530 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	PEX26	Q7Z412	305 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CAND1	Q86VP6	1230 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RDH11	Q8TC12	318 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	AKAP1	Q92667	903 aa	Known RBP eCLIP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	UCN3	Q969E3	161 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CTHRC1	Q96CG8	243 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TRMT61A	Q96FX7	289 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RBM18	Q96H35	190 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	FBXL20	Q96IG2	436 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	F2RL3	Q96RI0	385 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	KRT12	Q99456	494 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ERVK-6	Q9BXR3	956 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TSGA10	Q9BZW7	698 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	KLHL4	Q9C0H6	718 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	LACRT	Q9GZZ8	138 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	COPS7B	Q9H9Q2	264 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	HEY2	Q9UBP5	337 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	FETUB	Q9UGM5	382 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	FBXO5	Q9UKT4	447 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ERVK-19	Q9WJR5	959 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	MAD1L1	Q9Y6D9	718 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	MED12	Q93074	2177 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ROS1	P08922	2347 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TG	P01266	2768 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TENM1	Q9UKZ4	2725 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	IQANK1	A0A1B0GTG1	560 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SYCE3	A1L190	88 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	FRG2C	A6NGY1	282 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RTCA	O00442	366 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CLPS	P04118	112 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SOD3	P08294	240 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	C1GALT1C1L	P0DN25	315 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SLC37A1	P57057	533 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	IGLV3-21	P80748	117 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF267	Q14586	743 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	C18orf21	Q32NC0	220 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RBM20	Q5T481	1227 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	DESI1	Q6ICB0	168 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ENPP6	Q6UWR7	440 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ANGPTL8	Q6UXH0	198 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RNF111	Q6ZNA4	994 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SLCO4C1	Q6ZQN7	724 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	UBE3D	Q7Z6J8	389 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CNGA4	Q8IV77	575 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	PRR22	Q8IZ63	422 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TAGAP	Q8N103	731 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	OR1J4	Q8NGS1	313 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	OR14L1P	Q8NHC6	308 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	PLPPR2	Q96GM1	343 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM41A	Q96HV5	264 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SLC39A3	Q9BRY0	314 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TRIM54	Q9BYV2	358 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	LYRM4	Q9HD34	91 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SERHL	Q9NQF3	203 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	C20orf96	Q9NUD7	363 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ELOVL5	Q9NYP7	299 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TAS2R13	Q9NYV9	303 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	WWOX	Q9NZC7	414 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	GDF2	Q9UK05	429 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	KCNE2	Q9Y6J6	123 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	ANKDD1B	A6NHY2	528 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CDC7	O00311	574 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	DYRK3	O43781	588 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CLEC3A	O75596	197 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CGA	P01215	116 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	CHM	P24386	653 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	GDF5	P43026	501 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	LHX2	P50458	406 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	PCDH1	Q08174	1060 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	FUT7	Q11130	342 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	HSP90AA5P	Q58FG0	334 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	P4HA3	Q7Z4N8	544 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TTL	Q8NG68	377 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	RAB3IL1	Q8TBN0	382 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	GTPBP3	Q969Y2	492 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM204	Q9BSN7	226 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	PHACTR1	Q9C0D0	580 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLK3-222	ENST00000568232	IARS2	Q9NSE4	1012 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71

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