RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	INTS9	Q9NV88	658 aa	Known RBP	8.24	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		8.24	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	CDC14A	Q9UNH5	594 aa		8.24	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	KLK4	Q9Y5K2	254 aa		8.24	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520		A0A088AWK7	358 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520		H0YGG7	62 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SOCS6	O14544	535 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	LCMT2	O60294	686 aa	Known RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ULK1	O75385	1050 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	KLHL18	O94889	574 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN8	P19075	237 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ZNF10	P21506	573 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MMP11	P24347	488 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PTX3	P26022	381 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	AVPR1B	P47901	424 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ARF3	P61204	181 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	STXBP1	P61764	594 aa	Known RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	YBX1	P67809	324 aa	Known RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	LCP2	Q13094	533 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PWP1	Q13610	501 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PCLAF	Q15004	111 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	POU4F3	Q15319	338 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TTMP	Q5BVD1	217 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	C10orf62	Q5T681	223 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	GRHL2	Q6ISB3	625 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ZNF425	Q6IV72	752 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	NIPAL1	Q6NVV3	410 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	IGFL2	Q6UWQ7	119 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TTLL10	Q6ZVT0	673 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	GDF7	Q7Z4P5	450 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ASPG	Q86U10	573 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PLD3	Q8IV08	490 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	METTL27	Q8N6F8	245 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SRFBP1	Q8NEF9	429 aa	Known RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OR4F6	Q8NGB9	312 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OR1N1	Q8NGS0	311 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	LRRC8C	Q8TDW0	803 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ITLN2	Q8WWU7	325 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	LURAP1	Q96LR2	239 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TMEM237	Q96Q45	408 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MESP1	Q9BRJ9	268 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MECR	Q9BV79	373 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	YIPF2	Q9BWQ6	316 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	GATA5	Q9BWX5	397 aa	Predicted RBP	8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	LHPP	Q9H008	270 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	EPS8L2	Q9H6S3	715 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MANSC1	Q9H8J5	431 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	AHSP	Q9NZD4	102 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SH3BGRL2	Q9UJC5	107 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ZFP69B	Q9UJL9	534 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RNF11	Q9Y3C5	154 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	HS3ST3B1	Q9Y662	390 aa		8.23	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PHF3	Q92576	2039 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TRGV8	A0A0C4DH27	118 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TMEM238L	A0A1B0GVL6	79 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	HYKK	A2RU49	373 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TMEM114	B3SHH9	223 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520		H0YIV9	168 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OR7A17	O14581	309 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	NDUFS4	O43181	175 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	CTSV	O60911	334 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OR4F21	O95013	312 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ESRRB	O95718	433 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	F10	P00742	488 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SERPINE1	P05121	402 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ENO1	P06733	434 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RPS17	P08708	135 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	UROS	P10746	265 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	CHN1	P15882	459 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	HTR1E	P28566	365 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ETV4	P43268	484 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OR1D4	P47884	311 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SLC1A6	P48664	564 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RAP1GDS1	P52306	607 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ABCE1	P61221	599 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	REEP5	Q00765	189 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520		Q0VFX4	171 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ART3	Q13508	389 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	DDX39B	Q13838	428 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MPP2	Q14168	576 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RCN2	Q14257	317 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	NKG7	Q16617	165 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	IMPG1	Q17R60	797 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	MUM1	Q2TAK8	710 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	TUBB8	Q3ZCM7	444 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	SGO1	Q5FBB7	561 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RPS26P11	Q5JNZ5	115 aa	Predicted RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	B3GNTL1	Q67FW5	361 aa	Predicted RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	KIRREL2	Q6UWL6	708 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ISLR2	Q6UXK2	745 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	BEND4	Q6ZU67	534 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	RPS27L	Q71UM5	84 aa	Known RBP	8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	ABHD13	Q7L211	337 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	OVCH1	Q7RTY7	1134 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	PRSS58	Q8IYP2	241 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	CLYBL	Q8N0X4	340 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	CSNK1A1L	Q8N752	337 aa		8.22	□□□□□ -1.09
USP4-213	ENST00000488520	BCORP1	Q8N888	145 aa		8.22	□□□□□ -1.09

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