RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 KCNA7Q96RP8 456 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CLMPQ9H6B4 373 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 LYARQ9NX58 379 aaKnown RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC12A4Q9UP95 1085 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PLLPQ9Y342 182 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TIMM22Q9Y584 194 aa14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP14.76□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRAV17A0A0B4J275 112 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HMGB1P1B2RPK0 211 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TCP11X1B4DZS4 312 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PRKNO60260 465 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ESRRBO95718 433 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 IFNA16P05015 189 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 KLK1P06870 262 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CPA3P15088 417 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CHN1P15882 459 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CREB1P16220 341 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 UQCRFS1P47985 274 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HTR6P50406 440 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CLCN2P51788 898 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FOXA1P55317 472 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PKNOX1P55347 436 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FOLH1Q04609 750 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TUBA3CQ13748 450 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SERTAD2Q14140 314 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PCLAFQ15004 111 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TTMPQ5BVD1 217 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TUBA3EQ6PEY2 450 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SRRM1Q8IYB3 904 aaKnown RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TMEM132CQ8N3T6 1108 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 METTL6Q8TCB7 284 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TANKQ92844 425 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NCLNQ969V3 563 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 VMP1Q96GC9 406 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 APOPT1Q96IL0 206 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SIGLEC12Q96PQ1 595 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC29A3Q9BZD2 475 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FAM107BQ9H098 131 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CSTF2TQ9H0L4 616 aaKnown RBP eCLIP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TEX10Q9NXF1 929 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ANKRD10Q9NXR5 420 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MAP10Q9P2G4 905 aa14.75□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRBV11-1A0A0K0K1C0 115 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SYNDIG1LA6NDD5 238 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GLOD5A6NK44 160 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GABRR3A8MPY1 467 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 AIFM1O95831 613 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 KRT6AP02538 564 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 KRT6BP04259 564 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HMOX2P30519 316 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TLX1P31314 330 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CD96P40200 585 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 BUD31P41223 144 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 KRT6CP48668 564 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MLF1P58340 268 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF468Q5VIY5 522 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DGAT2L6Q6ZPD8 337 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FRMD7Q6ZUT3 714 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 COMMD6Q7Z4G1 85 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C10orf107Q8IVU9 208 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 LGI4Q8N135 537 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF321PQ8N8H1 164 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CCDC63Q8NA47 563 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GALNT11Q8NCW6 608 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TNFRSF12AQ9NP84 129 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MID1IP1Q9NPA3 183 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 AHSPQ9NZD4 102 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ADAM29Q9UKF5 820 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 STK38LQ9Y2H1 464 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CLCA3PQ9Y6N3 262 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 RP1L1Q8IWN7 2480 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TMEM200CA6NKL6 621 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PGRMC2O15173 223 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 VPS4BO75351 444 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ULK1O75385 1050 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SPAG7O75391 227 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DDAH2O95865 285 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NR2F6P10588 404 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HSD3B1P14060 373 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GNLYP22749 145 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HSD3B2P26439 372 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 STT3AP46977 705 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 AGBL2Q5U5Z8 902 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 LIPMQ5VYY2 423 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ATCAYQ86WG3 371 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MORN4Q8NDC4 146 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MDS2Q8NDY4 140 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 OR14A16Q8NHC5 309 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GRHL3Q8TE85 626 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 THAP3Q8WTV1 239 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DAZLQ92904 295 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PPWD1Q96BP3 646 aaKnown RBP14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ATP6V1G3Q96LB4 118 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TAAR6Q96RI8 345 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DEFB126Q9BYW3 111 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CENPHQ9H3R5 247 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC17A7Q9P2U7 560 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 VPS29Q9UBQ0 182 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 VPS4AQ9UN37 437 aa14.74□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FLNCQ14315 2725 aa14.73□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 1319.5 ms