RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	VN1R4	Q7Z5H5	301 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TSPYL5	Q86VY4	417 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PDSS2	Q86YH6	399 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	EID3	Q8N140	333 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ZFP62	Q8NB50	900 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPFIBP2	Q8ND30	876 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	OR5T3	Q8NGG3	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	OR51Q1	Q8NH59	317 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TRAF3IP1	Q8TDR0	691 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HEXDC	Q8WVB3	486 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	METTL21A	Q8WXB1	218 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPP1R14A	Q96A00	147 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FSD1L	Q9BXM9	530 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MAK16	Q9BXY0	300 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ATG10	Q9H0Y0	220 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GOLPH3	Q9H4A6	298 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TRIM45	Q9H8W5	580 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SEMA4B	Q9NPR2	832 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LANCL2	Q9NS86	450 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	INTS7	Q9NVH2	962 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	NLE1	Q9NVX2	485 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ALKBH4	Q9NXW9	302 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CTTNBP2NL	Q9P2B4	639 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF223	Q9UK11	482 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC39A10	Q9ULF5	831 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDC14A	Q9UNH5	594 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ALG6	Q9Y672	507 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM169A	Q9Y6X4	670 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DYSF	O75923	2080 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF860	A6NHJ4	632 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511		H7C0S8	307 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CLDN4	O14493	209 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HAT1	O14929	419 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RDH16	O75452	317 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	AP2A2	O94973	939 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CRTAM	O95727	393 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HRG	P04196	525 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SCG5	P05408	212 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TPM2	P07951	284 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ANXA5	P08758	320 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ERVK-10	P10266	1014 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TRHR	P34981	398 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MARCKSL1	P49006	195 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CYB561	P49447	251 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HLCS	P50747	726 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GEM	P55040	296 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PPIA	P62937	165 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	OLR1	P78380	273 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	POU4F1	Q01851	419 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACTN3	Q08043	901 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TSTA3	Q13630	321 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CAPRIN1	Q14444	709 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	POU6F1	Q14863	301 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ABRAXAS2	Q15018	415 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NSDHL	Q15738	373 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EXT1	Q16394	746 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF750	Q32MQ0	723 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SYTL3	Q4VX76	610 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EEF1AKMT2	Q5JPI9	291 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	C10orf62	Q5T681	223 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SHE	Q5VZ18	495 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF425	Q6IV72	752 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ARHGAP11A	Q6P4F7	1023 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ALKBH5	Q6P6C2	394 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	B3GNT6	Q6ZMB0	384 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF534	Q76KX8	674 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	YTHDF3	Q7Z739	585 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SCUBE1	Q8IWY4	988 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC5A8	Q8N695	610 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NFAM1	Q8NET5	270 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM222B	Q8WU58	562 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC22A18	Q96BI1	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MVB12A	Q96EY5	273 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PEX11G	Q96HA9	241 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF778	Q96MU6	729 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SPATA13	Q96N96	652 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SMC6	Q96SB8	1091 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DRC3	Q9H069	523 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GBA3	Q9H227	469 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	VPS37B	Q9H9H4	285 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ABCF3	Q9NUQ8	709 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	BEX4	Q9NWD9	120 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KCMF1	Q9P0J7	381 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SPRR3	Q9UBC9	169 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PCYOX1	Q9UHG3	505 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TTC7A	Q9ULT0	858 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63

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