RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 ZNF473Q8WTR7 871 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 UBLCP1Q8WVY7 318 aaPredicted RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 THOC3Q96J01 351 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 QRFPRQ96P65 431 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MRPL57Q9BQC6 102 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TRIM4Q9C037 500 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 REXO4Q9GZR2 422 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 LHPPQ9H008 270 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZNF700Q9H0M5 742 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TMEM216Q9P0N5 145 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 G3BP2Q9UN86 482 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TNPO3Q9Y5L0 923 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IGHV3-20A0A0C4DH32 117 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IQANK1A0A1B0GTG1 560 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CELA2AP08217 269 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 EEF1DP29692 281 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TLE1Q04724 770 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RUNX2Q13950 521 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HIST2H2ACQ16777 129 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HIST2H2AA3Q6FI13 130 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MED27Q6P2C8 311 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 RNF175Q8N4F7 328 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 METTL21AQ8WXB1 218 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PSMF1Q92530 271 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 TSLPQ969D9 159 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IMMP1LQ96LU5 166 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 F2RL3Q96RI0 385 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 WDR77Q9BQA1 342 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MS4A8Q9BY19 250 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 MRPL46Q9H2W6 279 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 IPPKQ9H8X2 491 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 CLK4Q9HAZ1 481 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ZBTB26Q9HCK0 441 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 PRDM7Q9NQW5 492 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 ANGPTL3Q9Y5C1 460 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-201ENST00000333496 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 FOXO6A8MYZ6 492 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 FAM227AF5H4B4 570 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 STX16-NPEPL1H3BU86 382 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 GOLGA8RI6L899 631 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 J3QKU1 62 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 OR7A17O14581 309 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 STX16O14662 325 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 DPM1O60762 260 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PRR35P0CG20 571 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PLA2G16P53816 162 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 BTG2P78543 158 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 LIPJQ5W064 366 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ABHD17CQ6PCB6 329 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 IGFL3Q6UXB1 125 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CPEB2Q7Z5Q1 589 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 UBE3DQ7Z6J8 389 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ANKRD37Q7Z713 158 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 HPS6Q86YV9 775 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 NSUN5Q96P11 429 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 RIC8BQ9NVN3 520 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PCTPQ9UKL6 214 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TMCO1Q9UM00 188 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SHANK1Q9Y566 2161 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 A0A1W2PPM1 405 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MAGEB17A8MXT2 336 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 B4GALT2O60909 372 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TGFB1P01137 390 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PCNAP12004 261 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 HSD17B3P37058 310 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ABRAXAS2Q15018 415 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZSCAN26Q16670 478 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 JMJD6Q6NYC1 403 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TRIM40Q6P9F5 258 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 IGFL2Q6UWQ7 119 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SH2D5Q6ZV89 423 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 RPS27LQ71UM5 84 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CYP4X1Q8N118 509 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 Q8NA96 180 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 OR52B6Q8NGF0 335 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 UBE2E3Q969T4 207 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 FAR2Q96K12 515 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CCDC77Q9BR77 488 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MFRPQ9BY79 579 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 NOL11Q9H8H0 719 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ACTR8Q9H981 624 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 RNF11Q9Y3C5 154 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 BAHCC1Q9P281 2608 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 A8MT66 165 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 KLHL41O60662 606 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 UGDHO60701 494 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SMIM24O75264 130 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SH3BGRLO75368 114 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SEC24DO94855 1032 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ALPPP05187 535 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PYGBP11216 843 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 RNH1P13489 461 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SLCO1A2P46721 670 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 NSDHLQ15738 373 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 AGAP7PQ5VUJ5 663 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SLC6A19Q695T7 634 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZNF793Q6ZN11 406 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MYLK4Q86YV6 388 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.6 ms