RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFAF1	Q9Y375	327 aa		12.15	□□□□□ -0.46
TRAF4-208	ENST00000469529	ARID1B	Q8NFD5	2236 aa	Predicted RBP	12.15	□□□□□ -0.46
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC105369274	A0A096LPK9	316 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	IGHV5-51	A0A0C4DH38	117 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC102723532	A0A0G2JNH3	316 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC100653049	A0A140TA62	436 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PQM1	296 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	MED19	A0JLT2	244 aa	Predicted RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	FITM1	A5D6W6	292 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PLPP1	O14494	284 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFS4	O43181	175 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NRP2	O60462	931 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT34	O76011	436 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CBX6	O95503	412 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXB3	P14651	431 aa	Predicted RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PVR	P15151	417 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NELFE	P18615	380 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TACR1	P25103	407 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TPP2	P29144	1249 aa	Predicted RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	HNRNPH1	P31943	449 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL3	P39023	403 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	POLR2J	P52435	117 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LIMK1	P53667	647 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	HSD11B2	P80365	405 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	SRSF11	Q05519	484 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF763	Q0D2J5	394 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PRTG	Q2VWP7	1150 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PERM1	Q5SV97	790 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NKAIN2	Q5VXU1	208 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM71E1	Q6IPT2	247 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ASRGL1	Q7L266	308 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NUDT13	Q86X67	352 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	OR4N4	Q8N0Y3	316 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	DPP10	Q8N608	796 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NATD1	Q8N6N6	113 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	OR8J2	Q8NGG1	315 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB8	Q8NHS0	232 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	GAL3ST3	Q96A11	431 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	RERG	Q96A58	199 aa	Predicted RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	COQ8B	Q96D53	544 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TEX37	Q96LM6	180 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ZBTB18	Q99592	522 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	NLN	Q9BYT8	704 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	DPY30	Q9C005	99 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	MYNN	Q9NPC7	610 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TAS2R1	Q9NYW7	299 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC167	Q9P0B6	97 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6V1H	Q9UI12	483 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	G3BP2	Q9UN86	482 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	POLR3H	Q9Y535	204 aa	Predicted RBP	12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PCM1	Q15154	2024 aa		12.14	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0A6YYD5	115 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0J9YVX5	310 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CPED1	A4D0V7	1026 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF1C	O43896	1103 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDH7	O60245	1069 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CBFA2T3	O75081	653 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	GUCY1B2	O75343	617 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LDOC1	O95751	146 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	KLK1	P06870	262 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	DRD2	P14416	443 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	HIST1H1T	P22492	207 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP5A1	P25705	553 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	IL12A	P29459	219 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CPOX	P36551	454 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	GFER	P55789	205 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC74A	Q0VAA2	488 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ILK	Q13418	452 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TRA2A	Q13595	282 aa	Known RBP eCLIP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PDE7A	Q13946	482 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM53B	Q14153	422 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PTGR1	Q14914	329 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TLR1	Q15399	786 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	CCNYL2	Q5T2Q4	361 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	STPG1	Q5TH74	334 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	FRMPD2B	Q6IN97	320 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM40	Q6P9F5	258 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF574	Q6ZN55	896 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	USP53	Q70EK8	1073 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ABHD13	Q7L211	337 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	R3HCC1L	Q7Z5L2	792 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	SNX32	Q86XE0	403 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529		Q8N9G6	341 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	RHBDD1	Q8TEB9	315 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	UTP15	Q8TED0	518 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	C16orf78	Q8WTQ4	265 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ROPN1L	Q96C74	230 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TM4SF18	Q96CE8	201 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	MARK4	Q96L34	752 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	TGM7	Q96PF1	710 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	PRPF18	Q99633	342 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	BTBD10	Q9BSF8	475 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	EDEM2	Q9BV94	578 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	LRMDA	Q9H2I8	198 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	MMADHC	Q9H3L0	296 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHL31	Q9H511	634 aa		12.13	□□□□□ -0.47
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF768	Q9H5H4	540 aa	Known RBP	12.13	□□□□□ -0.47

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.2 ms