RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	USP30	Q70CQ3	517 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ARMCX6	Q7L4S7	300 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZFAND4	Q86XD8	727 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KLHDC7B	Q96G42	594 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR2M4	Q96R27	311 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TRIB3	Q96RU7	358 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KNTC1	P50748	2209 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	LOC110117498-PIK3R3	F6TDL0	507 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CAPN5	O15484	640 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	FPR1	P21462	350 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PSMD4	P55036	377 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SPRED3	Q2MJR0	410 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	XKR4	Q5GH76	650 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OGFOD2	Q6N063	350 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC30A4	O14863	429 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	DHPS	P49366	369 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	EIPR1	Q53HC9	387 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	C10orf62	Q5T681	223 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	BLOC1S3	Q6QNY0	202 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OAF	Q86UD1	273 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	RNF130	Q86XS8	419 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	DEFB119	Q8N690	84 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CD200R1	Q8TD46	325 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SNX33	Q8WV41	574 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNC2	Q96PR1	638 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HRASLS2	Q9NWW9	162 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NRAP	Q86VF7	1730 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423		A8MUA0	341 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PRMT3	O60678	531 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CLIC3	O95833	236 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	JUP	P14923	745 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HYAL2	Q12891	473 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GRIK2	Q13002	908 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	C18orf21	Q32NC0	220 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CLEC12A	Q5QGZ9	265 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	JAZF1	Q86VZ6	243 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ENDOV	Q8N8Q3	282 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MDGA1	Q8NFP4	955 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNH6	Q9H252	994 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	KAT8	Q9H7Z6	458 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PHF11	Q9UIL8	331 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	LRRC42	Q9Y546	428 aa		13.74	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GPR39	O43194	453 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	B4GALT2	O60909	372 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC16A8	O95907	504 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TCEA1	P23193	301 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ERVPABLB-1	P60509	514 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CST6	Q15828	149 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SYT16	Q17RD7	645 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IQCC	Q4KMZ1	466 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TCEAL4	Q96EI5	215 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IFT27	Q9BW83	186 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SCN7A	Q01118	1682 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CHST10	O43529	356 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IL12A	P29459	219 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	IL12B	P29460	328 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SHMT2	P34897	504 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MXD1	Q05195	221 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MPP7	Q5T2T1	576 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ADGRG6	Q86SQ4	1221 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF433	Q8N7K0	673 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MRPL43	Q8N983	215 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	L3HYPDH	Q96EM0	354 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ELL3	Q9HB65	397 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TREX1	Q9NSU2	369 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	LOC285095	A0A1B0GVY8	99 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF860	A6NHJ4	632 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	MID1	O15344	667 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ASGR2	P07307	311 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GCA	P28676	217 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	TIA1	P31483	386 aa	Known RBP eCLIP	13.73	□□□□□ -0.21	1e-5	■■■□□ 19.1
NPHP4-208	ENST00000478423	GRK6	P43250	576 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GALK1	P51570	392 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CYBRD1	Q53TN4	286 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PRRT3	Q5FWE3	981 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CXorf57	Q6NSI4	855 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GPR26	Q8NDV2	337 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	OR13J1	Q8NGT2	312 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	SHD	Q96IW2	340 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	CDC14A	Q9UNH5	594 aa		13.73	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	XK	P51811	444 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	GALNT1	Q10472	559 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NFE2L1	Q14494	772 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	NADK2	Q4G0N4	442 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	PDSS2	Q86YH6	399 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	ACVR1C	Q8NER5	493 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	WDR92	Q96MX6	357 aa		13.72	□□□□□ -0.21
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM83C	Q9BQN1	747 aa		13.72	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.6 ms