Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKX8

Upk3a, Uroplakin-3a, mousemouse

Predictions only

Length 287 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upk3aQ9JKX8 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
Upk3aQ9JKX8 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Upk3aQ9JKX8 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Upk3aQ9JKX8 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Upk3aQ9JKX8 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Upk3aQ9JKX8 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
Upk3aQ9JKX8 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
Upk3aQ9JKX8 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
Upk3aQ9JKX8 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
Upk3aQ9JKX8 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Upk3aQ9JKX8 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
Upk3aQ9JKX8 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
Upk3aQ9JKX8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
Upk3aQ9JKX8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Upk3aQ9JKX8 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
Upk3aQ9JKX8 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Upk3aQ9JKX8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
Upk3aQ9JKX8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Upk3aQ9JKX8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Upk3aQ9JKX8 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Upk3aQ9JKX8 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Upk3aQ9JKX8 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Upk3aQ9JKX8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Upk3aQ9JKX8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Upk3aQ9JKX8 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Upk3aQ9JKX8 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
Upk3aQ9JKX8 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Upk3aQ9JKX8 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Upk3aQ9JKX8 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Upk3aQ9JKX8 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Upk3aQ9JKX8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Upk3aQ9JKX8 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Upk3aQ9JKX8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
Upk3aQ9JKX8 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Upk3aQ9JKX8 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Upk3aQ9JKX8 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Upk3aQ9JKX8 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Upk3aQ9JKX8 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Upk3aQ9JKX8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Upk3aQ9JKX8 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Upk3aQ9JKX8 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Upk3aQ9JKX8 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Upk3aQ9JKX8 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Upk3aQ9JKX8 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Upk3aQ9JKX8 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Upk3aQ9JKX8 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Upk3aQ9JKX8 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Upk3aQ9JKX8 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Upk3aQ9JKX8 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Upk3aQ9JKX8 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Upk3aQ9JKX8 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Upk3aQ9JKX8 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Upk3aQ9JKX8 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Upk3aQ9JKX8 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Upk3aQ9JKX8 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upk3aQ9JKX8 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Upk3aQ9JKX8 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upk3aQ9JKX8 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Upk3aQ9JKX8 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Upk3aQ9JKX8 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Upk3aQ9JKX8 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Upk3aQ9JKX8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Upk3aQ9JKX8 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upk3aQ9JKX8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upk3aQ9JKX8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Upk3aQ9JKX8 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Upk3aQ9JKX8 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Upk3aQ9JKX8 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Upk3aQ9JKX8 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Upk3aQ9JKX8 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Upk3aQ9JKX8 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Upk3aQ9JKX8 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Upk3aQ9JKX8 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Upk3aQ9JKX8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
Upk3aQ9JKX8 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Upk3aQ9JKX8 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Upk3aQ9JKX8 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Upk3aQ9JKX8 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Upk3aQ9JKX8 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Upk3aQ9JKX8 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Upk3aQ9JKX8 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Upk3aQ9JKX8 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Upk3aQ9JKX8 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Upk3aQ9JKX8 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Upk3aQ9JKX8 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Upk3aQ9JKX8 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Upk3aQ9JKX8 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Upk3aQ9JKX8 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Upk3aQ9JKX8 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Upk3aQ9JKX8 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Upk3aQ9JKX8 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Upk3aQ9JKX8 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Upk3aQ9JKX8 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Upk3aQ9JKX8 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Upk3aQ9JKX8 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.6 ms