Protein–RNA interactions for Protein: Q99LU0

Chmp1b1, Charged multivesicular body protein 1b-1, mousemouse

Predictions only

Length 199 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Chmp1b1Q99LU0 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
Chmp1b1Q99LU0 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
Chmp1b1Q99LU0 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
Chmp1b1Q99LU0 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
Chmp1b1Q99LU0 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
Chmp1b1Q99LU0 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
Chmp1b1Q99LU0 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Chmp1b1Q99LU0 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
Chmp1b1Q99LU0 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Chmp1b1Q99LU0 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
Chmp1b1Q99LU0 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Chmp1b1Q99LU0 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Chmp1b1Q99LU0 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Chmp1b1Q99LU0 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Chmp1b1Q99LU0 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Chmp1b1Q99LU0 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Chmp1b1Q99LU0 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Chmp1b1Q99LU0 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Chmp1b1Q99LU0 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Chmp1b1Q99LU0 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Chmp1b1Q99LU0 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Chmp1b1Q99LU0 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Chmp1b1Q99LU0 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Chmp1b1Q99LU0 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Chmp1b1Q99LU0 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Chmp1b1Q99LU0 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Chmp1b1Q99LU0 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Chmp1b1Q99LU0 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Chmp1b1Q99LU0 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
Chmp1b1Q99LU0 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Chmp1b1Q99LU0 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Chmp1b1Q99LU0 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Chmp1b1Q99LU0 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Chmp1b1Q99LU0 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Chmp1b1Q99LU0 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Chmp1b1Q99LU0 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Chmp1b1Q99LU0 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Chmp1b1Q99LU0 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Chmp1b1Q99LU0 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Chmp1b1Q99LU0 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Chmp1b1Q99LU0 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Chmp1b1Q99LU0 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Chmp1b1Q99LU0 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Chmp1b1Q99LU0 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Chmp1b1Q99LU0 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Chmp1b1Q99LU0 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
Chmp1b1Q99LU0 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Chmp1b1Q99LU0 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Chmp1b1Q99LU0 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Chmp1b1Q99LU0 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Chmp1b1Q99LU0 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Chmp1b1Q99LU0 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Chmp1b1Q99LU0 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Chmp1b1Q99LU0 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Chmp1b1Q99LU0 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Chmp1b1Q99LU0 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Chmp1b1Q99LU0 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Chmp1b1Q99LU0 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
Chmp1b1Q99LU0 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Chmp1b1Q99LU0 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Chmp1b1Q99LU0 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Chmp1b1Q99LU0 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Chmp1b1Q99LU0 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Chmp1b1Q99LU0 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Chmp1b1Q99LU0 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
Chmp1b1Q99LU0 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
Chmp1b1Q99LU0 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Chmp1b1Q99LU0 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Chmp1b1Q99LU0 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Chmp1b1Q99LU0 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Chmp1b1Q99LU0 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Chmp1b1Q99LU0 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Chmp1b1Q99LU0 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Chmp1b1Q99LU0 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Chmp1b1Q99LU0 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Chmp1b1Q99LU0 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Chmp1b1Q99LU0 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Chmp1b1Q99LU0 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Chmp1b1Q99LU0 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Chmp1b1Q99LU0 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Chmp1b1Q99LU0 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Chmp1b1Q99LU0 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Chmp1b1Q99LU0 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Chmp1b1Q99LU0 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Chmp1b1Q99LU0 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Chmp1b1Q99LU0 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Chmp1b1Q99LU0 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Chmp1b1Q99LU0 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Chmp1b1Q99LU0 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Chmp1b1Q99LU0 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Chmp1b1Q99LU0 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Chmp1b1Q99LU0 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Chmp1b1Q99LU0 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Chmp1b1Q99LU0 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Chmp1b1Q99LU0 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Chmp1b1Q99LU0 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Chmp1b1Q99LU0 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Chmp1b1Q99LU0 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Chmp1b1Q99LU0 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Chmp1b1Q99LU0 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.1 ms