Protein–RNA interactions for Protein: Q7M729

Scn4b, Sodium channel subunit beta-4, mousemouse

Predictions only

Length 228 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4bQ7M729 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC35,5■■■■□ 3,27
Scn4bQ7M729 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,42■■■□□ 2,94
Scn4bQ7M729 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC32,57■■■□□ 2,8
Scn4bQ7M729 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,48■■■□□ 2,79
Scn4bQ7M729 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,27■■■□□ 2,76
Scn4bQ7M729 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,22■■■□□ 2,75
Scn4bQ7M729 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31,54■■■□□ 2,64
Scn4bQ7M729 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,07■■■□□ 2,56
Scn4bQ7M729 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC31,06■■■□□ 2,56
Scn4bQ7M729 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC30,94■■■□□ 2,54
Scn4bQ7M729 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,53■■■□□ 2,48
Scn4bQ7M729 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC30,52■■■□□ 2,48
Scn4bQ7M729 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC30,42■■■□□ 2,46
Scn4bQ7M729 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,4■■■□□ 2,46
Scn4bQ7M729 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,37■■■□□ 2,45
Scn4bQ7M729 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,93■■■□□ 2,38
Scn4bQ7M729 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,91■■■□□ 2,38
Scn4bQ7M729 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,88■■■□□ 2,37
Scn4bQ7M729 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,85■■■□□ 2,37
Scn4bQ7M729 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,82■■■□□ 2,36
Scn4bQ7M729 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,81■■■□□ 2,36
Scn4bQ7M729 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,8■■■□□ 2,36
Scn4bQ7M729 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,77■■■□□ 2,36
Scn4bQ7M729 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,75■■■□□ 2,35
Scn4bQ7M729 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC29,71■■■□□ 2,35
Scn4bQ7M729 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29,69■■■□□ 2,34
Scn4bQ7M729 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29,67■■■□□ 2,34
Scn4bQ7M729 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29,59■■■□□ 2,33
Scn4bQ7M729 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,55■■■□□ 2,32
Scn4bQ7M729 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,53■■■□□ 2,32
Scn4bQ7M729 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,45■■■□□ 2,3
Scn4bQ7M729 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,38■■■□□ 2,29
Scn4bQ7M729 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,29■■■□□ 2,28
Scn4bQ7M729 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC29,29■■■□□ 2,28
Scn4bQ7M729 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,26■■■□□ 2,28
Scn4bQ7M729 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,08■■■□□ 2,25
Scn4bQ7M729 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29,01■■■□□ 2,23
Scn4bQ7M729 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC28,99■■■□□ 2,23
Scn4bQ7M729 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,93■■■□□ 2,22
Scn4bQ7M729 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,91■■■□□ 2,22
Scn4bQ7M729 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,88■■■□□ 2,21
Scn4bQ7M729 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28,75■■■□□ 2,19
Scn4bQ7M729 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,64■■■□□ 2,18
Scn4bQ7M729 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28,58■■■□□ 2,17
Scn4bQ7M729 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC28,51■■■□□ 2,15
Scn4bQ7M729 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,5■■■□□ 2,15
Scn4bQ7M729 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28,48■■■□□ 2,15
Scn4bQ7M729 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,44■■■□□ 2,14
Scn4bQ7M729 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC28,35■■■□□ 2,13
Scn4bQ7M729 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28,26■■■□□ 2,11
Scn4bQ7M729 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,23■■■□□ 2,11
Scn4bQ7M729 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC28,22■■■□□ 2,11
Scn4bQ7M729 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,12■■■□□ 2,09
Scn4bQ7M729 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,09■■■□□ 2,09
Scn4bQ7M729 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,03■■■□□ 2,08
Scn4bQ7M729 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27,98■■■□□ 2,07
Scn4bQ7M729 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Scn4bQ7M729 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,95■■■□□ 2,06
Scn4bQ7M729 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27,94■■■□□ 2,06
Scn4bQ7M729 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,94■■■□□ 2,06
Scn4bQ7M729 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,9■■■□□ 2,06
Scn4bQ7M729 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC27,86■■■□□ 2,05
Scn4bQ7M729 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Scn4bQ7M729 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC27,84■■■□□ 2,05
Scn4bQ7M729 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27,84■■■□□ 2,05
Scn4bQ7M729 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27,82■■■□□ 2,04
Scn4bQ7M729 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC27,82■■■□□ 2,04
Scn4bQ7M729 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,81■■■□□ 2,04
Scn4bQ7M729 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,78■■■□□ 2,04
Scn4bQ7M729 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC27,77■■■□□ 2,04
Scn4bQ7M729 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27,74■■■□□ 2,03
Scn4bQ7M729 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC27,74■■■□□ 2,03
Scn4bQ7M729 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,03
Scn4bQ7M729 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,66■■■□□ 2,02
Scn4bQ7M729 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27,53■■■□□ 2
Scn4bQ7M729 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,53■■■□□ 2
Scn4bQ7M729 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,52■■■□□ 2
Scn4bQ7M729 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,41■■□□□ 1,98
Scn4bQ7M729 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,39■■□□□ 1,98
Scn4bQ7M729 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27,37■■□□□ 1,97
Scn4bQ7M729 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Scn4bQ7M729 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,35■■□□□ 1,97
Scn4bQ7M729 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Scn4bQ7M729 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Scn4bQ7M729 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC27,32■■□□□ 1,96
Scn4bQ7M729 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,28■■□□□ 1,96
Scn4bQ7M729 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,26■■□□□ 1,95
Scn4bQ7M729 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,25■■□□□ 1,95
Scn4bQ7M729 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,2■■□□□ 1,95
Scn4bQ7M729 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Scn4bQ7M729 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27,16■■□□□ 1,94
Scn4bQ7M729 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Scn4bQ7M729 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27,13■■□□□ 1,93
Scn4bQ7M729 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,13■■□□□ 1,93
Scn4bQ7M729 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,11■■□□□ 1,93
Scn4bQ7M729 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Scn4bQ7M729 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27,1■■□□□ 1,93
Scn4bQ7M729 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,05■■□□□ 1,92
Scn4bQ7M729 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,05■■□□□ 1,92
Scn4bQ7M729 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12,2 ms