Protein–RNA interactions for Protein: Q00420

Gabpb1, GA-binding protein subunit beta-1, mousemouse

Predictions only

Length 383 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Gabpb1Q00420 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
Gabpb1Q00420 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
Gabpb1Q00420 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Gabpb1Q00420 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
Gabpb1Q00420 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
Gabpb1Q00420 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Gabpb1Q00420 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
Gabpb1Q00420 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
Gabpb1Q00420 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
Gabpb1Q00420 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32.34■■■□□ 2.77
Gabpb1Q00420 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
Gabpb1Q00420 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
Gabpb1Q00420 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC31.86■■■□□ 2.69
Gabpb1Q00420 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.78■■■□□ 2.68
Gabpb1Q00420 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
Gabpb1Q00420 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
Gabpb1Q00420 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
Gabpb1Q00420 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
Gabpb1Q00420 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
Gabpb1Q00420 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
Gabpb1Q00420 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
Gabpb1Q00420 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
Gabpb1Q00420 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
Gabpb1Q00420 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Gabpb1Q00420 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
Gabpb1Q00420 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
Gabpb1Q00420 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
Gabpb1Q00420 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
Gabpb1Q00420 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
Gabpb1Q00420 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Gabpb1Q00420 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
Gabpb1Q00420 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
Gabpb1Q00420 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
Gabpb1Q00420 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
Gabpb1Q00420 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
Gabpb1Q00420 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
Gabpb1Q00420 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
Gabpb1Q00420 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
Gabpb1Q00420 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
Gabpb1Q00420 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Gabpb1Q00420 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
Gabpb1Q00420 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Gabpb1Q00420 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Gabpb1Q00420 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Gabpb1Q00420 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
Gabpb1Q00420 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Gabpb1Q00420 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Gabpb1Q00420 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Gabpb1Q00420 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Gabpb1Q00420 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Gabpb1Q00420 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Gabpb1Q00420 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Gabpb1Q00420 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Gabpb1Q00420 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Gabpb1Q00420 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Gabpb1Q00420 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Gabpb1Q00420 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
Gabpb1Q00420 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Gabpb1Q00420 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Gabpb1Q00420 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Gabpb1Q00420 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Gabpb1Q00420 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Gabpb1Q00420 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
Gabpb1Q00420 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Gabpb1Q00420 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
Gabpb1Q00420 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
Gabpb1Q00420 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Gabpb1Q00420 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Gabpb1Q00420 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Gabpb1Q00420 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
Gabpb1Q00420 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Gabpb1Q00420 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Gabpb1Q00420 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Gabpb1Q00420 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Gabpb1Q00420 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Gabpb1Q00420 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Gabpb1Q00420 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Gabpb1Q00420 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Gabpb1Q00420 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Gabpb1Q00420 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Gabpb1Q00420 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Gabpb1Q00420 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Gabpb1Q00420 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Gabpb1Q00420 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Gabpb1Q00420 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Gabpb1Q00420 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Gabpb1Q00420 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Gabpb1Q00420 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Gabpb1Q00420 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Gabpb1Q00420 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Gabpb1Q00420 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Gabpb1Q00420 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Gabpb1Q00420 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Gabpb1Q00420 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Gabpb1Q00420 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Gabpb1Q00420 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Gabpb1Q00420 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Gabpb1Q00420 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Gabpb1Q00420 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Gabpb1Q00420 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 150.5 ms