Protein–RNA interactions for Protein: P70662

Ldb1, LIM domain-binding protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 411 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ldb1P70662 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.44■■■■□ 3.42
Ldb1P70662 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Ldb1P70662 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
Ldb1P70662 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
Ldb1P70662 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Ldb1P70662 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
Ldb1P70662 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.31■■■□□ 2.76
Ldb1P70662 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC31.76■■■□□ 2.68
Ldb1P70662 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
Ldb1P70662 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31.71■■■□□ 2.67
Ldb1P70662 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
Ldb1P70662 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
Ldb1P70662 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ldb1P70662 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
Ldb1P70662 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ldb1P70662 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
Ldb1P70662 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
Ldb1P70662 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
Ldb1P70662 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Ldb1P70662 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
Ldb1P70662 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
Ldb1P70662 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
Ldb1P70662 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
Ldb1P70662 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
Ldb1P70662 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
Ldb1P70662 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Ldb1P70662 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
Ldb1P70662 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Ldb1P70662 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Ldb1P70662 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
Ldb1P70662 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ldb1P70662 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ldb1P70662 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Ldb1P70662 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ldb1P70662 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Ldb1P70662 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
Ldb1P70662 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ldb1P70662 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.35
Ldb1P70662 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ldb1P70662 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ldb1P70662 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ldb1P70662 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ldb1P70662 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ldb1P70662 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ldb1P70662 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ldb1P70662 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Ldb1P70662 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ldb1P70662 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Ldb1P70662 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Ldb1P70662 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ldb1P70662 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ldb1P70662 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ldb1P70662 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Ldb1P70662 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ldb1P70662 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ldb1P70662 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ldb1P70662 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ldb1P70662 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Ldb1P70662 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ldb1P70662 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ldb1P70662 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ldb1P70662 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
Ldb1P70662 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ldb1P70662 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ldb1P70662 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ldb1P70662 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Ldb1P70662 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ldb1P70662 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Ldb1P70662 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ldb1P70662 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ldb1P70662 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ldb1P70662 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Ldb1P70662 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ldb1P70662 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ldb1P70662 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ldb1P70662 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ldb1P70662 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Ldb1P70662 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ldb1P70662 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ldb1P70662 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ldb1P70662 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ldb1P70662 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Ldb1P70662 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Ldb1P70662 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ldb1P70662 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ldb1P70662 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ldb1P70662 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ldb1P70662 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ldb1P70662 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ldb1P70662 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ldb1P70662 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ldb1P70662 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ldb1P70662 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ldb1P70662 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ldb1P70662 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.9 ms