Protein–RNA interactions for Protein: P43407

Sdc2, Syndecan-2, mousemouse

Predictions only

Length 202 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc2P43407 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC40■■■■□ 3,99
Sdc2P43407 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,66■■■■□ 3,78
Sdc2P43407 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,46■■■■□ 3,59
Sdc2P43407 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37,31■■■■□ 3,56
Sdc2P43407 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36,61■■■■□ 3,45
Sdc2P43407 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,2■■■■□ 3,39
Sdc2P43407 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC36,03■■■■□ 3,36
Sdc2P43407 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,76■■■■□ 3,32
Sdc2P43407 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC35,73■■■■□ 3,31
Sdc2P43407 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,25■■■■□ 3,23
Sdc2P43407 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC35,08■■■■□ 3,21
Sdc2P43407 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,97■■■■□ 3,19
Sdc2P43407 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,92■■■■□ 3,18
Sdc2P43407 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC34,87■■■■□ 3,17
Sdc2P43407 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,63■■■■□ 3,13
Sdc2P43407 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,56■■■■□ 3,12
Sdc2P43407 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,56■■■■□ 3,12
Sdc2P43407 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,48■■■■□ 3,11
Sdc2P43407 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,35■■■■□ 3,09
Sdc2P43407 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC34,3■■■■□ 3,08
Sdc2P43407 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,3■■■■□ 3,08
Sdc2P43407 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,05■■■■□ 3,04
Sdc2P43407 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,02■■■■□ 3,04
Sdc2P43407 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,01■■■■□ 3,04
Sdc2P43407 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33,93■■■■□ 3,02
Sdc2P43407 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,92■■■■□ 3,02
Sdc2P43407 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC33,87■■■■□ 3,01
Sdc2P43407 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,8■■■■□ 3
Sdc2P43407 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,69■■■□□ 2,98
Sdc2P43407 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,6■■■□□ 2,97
Sdc2P43407 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC33,6■■■□□ 2,97
Sdc2P43407 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,58■■■□□ 2,97
Sdc2P43407 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,54■■■□□ 2,96
Sdc2P43407 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC33,51■■■□□ 2,95
Sdc2P43407 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,39■■■□□ 2,94
Sdc2P43407 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,36■■■□□ 2,93
Sdc2P43407 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,29■■■□□ 2,92
Sdc2P43407 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,29■■■□□ 2,92
Sdc2P43407 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33,26■■■□□ 2,91
Sdc2P43407 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,25■■■□□ 2,91
Sdc2P43407 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC33,05■■■□□ 2,88
Sdc2P43407 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC33,03■■■□□ 2,88
Sdc2P43407 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC32,99■■■□□ 2,87
Sdc2P43407 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC32,94■■■□□ 2,86
Sdc2P43407 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC32,9■■■□□ 2,86
Sdc2P43407 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,85■■■□□ 2,85
Sdc2P43407 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32,84■■■□□ 2,85
Sdc2P43407 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC32,82■■■□□ 2,84
Sdc2P43407 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,81■■■□□ 2,84
Sdc2P43407 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC32,74■■■□□ 2,83
Sdc2P43407 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,48■■■□□ 2,79
Sdc2P43407 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,28■■■□□ 2,76
Sdc2P43407 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC32,27■■■□□ 2,76
Sdc2P43407 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,25■■■□□ 2,75
Sdc2P43407 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,19■■■□□ 2,74
Sdc2P43407 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC32,12■■■□□ 2,73
Sdc2P43407 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32,07■■■□□ 2,72
Sdc2P43407 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,01■■■□□ 2,72
Sdc2P43407 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,01■■■□□ 2,72
Sdc2P43407 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC31,94■■■□□ 2,7
Sdc2P43407 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,9■■■□□ 2,7
Sdc2P43407 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,88■■■□□ 2,69
Sdc2P43407 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31,88■■■□□ 2,69
Sdc2P43407 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31,84■■■□□ 2,69
Sdc2P43407 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31,8■■■□□ 2,68
Sdc2P43407 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31,78■■■□□ 2,68
Sdc2P43407 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,75■■■□□ 2,67
Sdc2P43407 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC31,74■■■□□ 2,67
Sdc2P43407 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31,7■■■□□ 2,67
Sdc2P43407 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,7■■■□□ 2,67
Sdc2P43407 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC31,67■■■□□ 2,66
Sdc2P43407 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31,61■■■□□ 2,65
Sdc2P43407 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,61■■■□□ 2,65
Sdc2P43407 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,59■■■□□ 2,65
Sdc2P43407 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC31,57■■■□□ 2,64
Sdc2P43407 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,55■■■□□ 2,64
Sdc2P43407 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,54■■■□□ 2,64
Sdc2P43407 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,51■■■□□ 2,63
Sdc2P43407 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC31,46■■■□□ 2,63
Sdc2P43407 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,42■■■□□ 2,62
Sdc2P43407 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,35■■■□□ 2,61
Sdc2P43407 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,33■■■□□ 2,61
Sdc2P43407 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC31,32■■■□□ 2,6
Sdc2P43407 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC31,24■■■□□ 2,59
Sdc2P43407 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,21■■■□□ 2,59
Sdc2P43407 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31,21■■■□□ 2,59
Sdc2P43407 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,21■■■□□ 2,59
Sdc2P43407 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC31,18■■■□□ 2,58
Sdc2P43407 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,15■■■□□ 2,58
Sdc2P43407 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,15■■■□□ 2,58
Sdc2P43407 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,15■■■□□ 2,58
Sdc2P43407 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC31,14■■■□□ 2,58
Sdc2P43407 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,09■■■□□ 2,57
Sdc2P43407 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC31,09■■■□□ 2,57
Sdc2P43407 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31,07■■■□□ 2,56
Sdc2P43407 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,06■■■□□ 2,56
Sdc2P43407 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,04■■■□□ 2,56
Sdc2P43407 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC31,03■■■□□ 2,56
Sdc2P43407 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,01■■■□□ 2,55
Sdc2P43407 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC30,94■■■□□ 2,54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,5 ms