Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Akirin1-201ENSMUST00000102636 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Mief1-202ENSMUST00000166030 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ttll3-202ENSMUST00000038889 3114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ctnna2-204ENSMUST00000160894 4162 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ankrd13a-201ENSMUST00000102578 3717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ube2d3-212ENSMUST00000197859 3833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Zfp862-ps-203ENSMUST00000203848 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm26904-201ENSMUST00000181301 1742 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Lrp8os3-201ENSMUST00000125464 1770 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Lrrc42-201ENSMUST00000030360 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Syf2-201ENSMUST00000030622 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Chic2-201ENSMUST00000075452 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Secisbp2-202ENSMUST00000110044 1915 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Pde4a-201ENSMUST00000003395 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Miip-206ENSMUST00000172710 1769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Yipf5-201ENSMUST00000025364 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm13446-201ENSMUST00000124555 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Rarb-201ENSMUST00000063750 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 0610010F05Rik-203ENSMUST00000109532 4106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Trim11-201ENSMUST00000093061 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Phf21b-203ENSMUST00000159939 3639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Prrg2-208ENSMUST00000210690 1623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Dctd-201ENSMUST00000033966 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Adam9-204ENSMUST00000208247 4044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Tmem28-201ENSMUST00000096363 3909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Klf15-204ENSMUST00000203607 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Asl-205ENSMUST00000161094 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Klf13-201ENSMUST00000063694 6396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usp4P35123 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.6 ms