Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Cry1-201ENSMUST00000020227 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Des-201ENSMUST00000027409 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Apaf1-202ENSMUST00000159110 6433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ccdc71l-201ENSMUST00000172332 4240 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tom1l2-201ENSMUST00000064019 2151 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tmem5-205ENSMUST00000140299 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Fam174b-201ENSMUST00000107456 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Bin2-207ENSMUST00000183211 2036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Ifngr1-201ENSMUST00000020188 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Acox1-201ENSMUST00000066587 3987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Cpne6-203ENSMUST00000165262 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tmem266-201ENSMUST00000034862 2408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Myod1-201ENSMUST00000072514 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gdf3-201ENSMUST00000032211 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Wipi2-201ENSMUST00000036872 5171 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Stk40-201ENSMUST00000094761 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Polr2f-201ENSMUST00000040077 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Zfp800-202ENSMUST00000115320 4311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Med20-201ENSMUST00000024778 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rnf13-205ENSMUST00000198214 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Fam126a-201ENSMUST00000030849 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Zpbp-201ENSMUST00000020413 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 1600020E01Rik-207ENSMUST00000204738 1997 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Nrip1-201ENSMUST00000054178 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Adcy7-203ENSMUST00000169037 5198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Usp4P35123 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms