Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU4-83P-201ENST00000410863 133 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RN7SL274P-201ENST00000492268 272 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AC090255.1-201ENST00000495779 349 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AL133373.1-201ENST00000497098 94 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU6-237P-201ENST00000515985 71 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR2115-201ENST00000516657 100 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU6-250P-201ENST00000516958 103 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR4524B-201ENST00000581569 115 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AP000553.5-201ENST00000641933 54 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
USP4Q13107 EYS-211ENST00000503581 10589 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 ZNF654-201ENST00000309495 4957 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNA5SP133-201ENST00000363368 119 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 Y_RNA.221-201ENST00000364248 96 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU6ATAC3P-201ENST00000387974 126 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU7-62P-201ENST00000458856 62 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR4713-201ENST00000582691 75 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR8063-201ENST00000621930 81 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
USP4Q13107 HAS2-201ENST00000303924 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 Y_RNA.57-201ENST00000362806 113 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU6-24P-201ENST00000384440 107 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 BX276092.1-201ENST00000427368 251 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AC093729.1-201ENST00000513074 128 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU6-850P-201ENST00000516934 103 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR4448-201ENST00000584360 86 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 ZNFX1-AS1_2.1-201ENST00000610973 93 ntBASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 C9orf84-205ENST00000394779 5060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC2.37□□□□□ -2.03
USP4Q13107 RNU4-52P-201ENST00000384209 138 ntBASIC2.36□□□□□ -2.03
USP4Q13107 SNRPGP12-201ENST00000449481 213 ntBASIC2.36□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR514B-201ENST00000516774 80 ntBASIC2.36□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR6516-201ENST00000630554 81 ntBASIC2.36□□□□□ -2.03
USP4Q13107 Y_RNA.316-201ENST00000365118 111 ntBASIC2.35□□□□□ -2.03
USP4Q13107 TRAJ1-201ENST00000390536 62 ntAPPRIS P1 BASIC2.35□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR4299-201ENST00000577899 72 ntBASIC2.35□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MT-TN-201ENST00000387400 73 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR1185-1-201ENST00000408598 86 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AC087499.7-201ENST00000441958 109 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AC245517.4-201ENST00000448601 281 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AC023790.1-201ENST00000482174 347 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 AP003716.2-201ENST00000528260 108 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 uc_338.6-201ENST00000613544 171 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 MIR6766-201ENST00000622641 72 ntBASIC2.34□□□□□ -2.03
USP4Q13107 CGGBP1-202ENST00000398392 5298 ntAPPRIS P1 BASIC2.34□□□□□ -2.04
USP4Q13107 KIF20B-202ENST00000371728 6419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.34□□□□□ -2.04
USP4Q13107 FGF7-206ENST00000614567 3936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.34□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORD115-37-201ENST00000363768 82 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR221-201ENST00000385135 110 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RPL30P7-201ENST00000479312 323 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR4769-201ENST00000584126 77 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNRPGP19-201ENST00000603826 189 ntBASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC034238.1-213ENST00000611148 150 ntTSL 5 BASIC2.33□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR103A2-201ENST00000362154 78 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNA5SP264-201ENST00000363115 107 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU6-654P-201ENST00000364373 107 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 TRAJ61-201ENST00000390479 60 ntAPPRIS P1 BASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNA5SP95-201ENST00000410319 137 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 ATP6V0E1P3-201ENST00000420036 246 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 snoU13.23-201ENST00000458863 104 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 snoU13.9-201ENST00000458927 103 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORD4B-201ENST00000459083 72 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC005908.1-201ENST00000468701 347 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU7-153P-201ENST00000516455 62 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU11-2P-201ENST00000516898 142 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 ZNRD1-AS1_1.6-201ENST00000610339 68 ntBASIC2.32□□□□□ -2.04
USP4Q13107 OXR1-209ENST00000517566 4501 ntTSL 1 (best) BASIC2.31□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORD114-1-201ENST00000362705 72 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU6-571P-201ENST00000384128 107 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MT-TF-201ENST00000387314 71 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU6ATAC9P-201ENST00000516210 116 ntBASIC2.31□□□□□ -2.04
USP4Q13107 CALCRL-201ENST00000392370 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.3□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNU4-32P-201ENST00000363404 141 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC019176.1-201ENST00000518519 225 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC103810.8-201ENST00000607347 118 ntBASIC2.3□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC008163.1-202ENST00000636004 2889 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 USP53-202ENST00000450251 6072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORD1A-201ENST00000364968 72 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORA64-201ENST00000384674 134 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR1236-201ENST00000408340 102 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR4491-201ENST00000581087 68 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AL512598.1-201ENST00000610158 273 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 KIAA1551-201ENST00000312561 6230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.29□□□□□ -2.04
USP4Q13107 Y_RNA.94-201ENST00000363068 106 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR1289-2-201ENST00000408360 111 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 SNORD93-201ENST00000408813 74 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 HMGN2P23-201ENST00000456759 269 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC108210.2-201ENST00000503681 201 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC079140.2-201ENST00000506193 142 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 RNA5SP200-201ENST00000516360 103 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC019288.1-201ENST00000557918 224 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AC140658.3-201ENST00000567603 271 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR6132-201ENST00000622083 109 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 MIR4662A-201ENST00000637499 67 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
USP4Q13107 AL161722.3-201ENST00000605789 2983 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR302D-201ENST00000362275 68 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 AL353795.2-201ENST00000431804 425 ntTSL 2 BASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU7-85P-201ENST00000458851 63 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-531P-201ENST00000516694 104 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 ATP13A3-201ENST00000256031 7322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 PYGO1-201ENST00000302000 8488 ntTSL 1 (best) BASIC2.27□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR377-201ENST00000362145 69 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIRLET7G-201ENST00000362280 84 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 198 ms