Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Sgsm2-202ENSMUST00000081799 4873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Rffl-206ENSMUST00000108173 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Cdkl3-209ENSMUST00000120374 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Tcta-201ENSMUST00000044725 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Gm16075-201ENSMUST00000135873 361 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Hist1h2ab-201ENSMUST00000078369 473 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Rhbg-201ENSMUST00000171887 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Trim58Q5NCC9 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Tra2a-201ENSMUST00000031841 1799 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Syf2-201ENSMUST00000030622 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Fam185a-201ENSMUST00000056045 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Hmgb3-204ENSMUST00000114582 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Hmgb3-203ENSMUST00000088874 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm16754-201ENSMUST00000181222 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Pak4-202ENSMUST00000108283 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Selenok-201ENSMUST00000112268 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Wnt5b-201ENSMUST00000117171 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ighv6-1-201ENSMUST00000193612 343 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Kcnj6-202ENSMUST00000099508 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Cog8-201ENSMUST00000034391 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Rab6a-202ENSMUST00000098252 3110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ppt2-205ENSMUST00000169067 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Fam214b-204ENSMUST00000107958 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 4931440P22Rik-202ENSMUST00000147424 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Layn-204ENSMUST00000217212 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Zyx-205ENSMUST00000203401 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Tcf24-202ENSMUST00000185184 4193 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Mob2-206ENSMUST00000211206 2140 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Hs3st5-203ENSMUST00000168572 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 BC051226-201ENSMUST00000172526 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm10501-201ENSMUST00000151136 2200 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Mindy4-203ENSMUST00000204842 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Npffr1-201ENSMUST00000020287 3479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Lmnb2-202ENSMUST00000105332 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Cpne6-203ENSMUST00000165262 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Lbp-201ENSMUST00000016168 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm17501-201ENSMUST00000181247 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Clvs2-201ENSMUST00000019920 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Ptpa-201ENSMUST00000042055 2586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Grwd1-202ENSMUST00000131384 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf1a-201ENSMUST00000032491 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Trim58Q5NCC9 Wnt10b-206ENSMUST00000228546 2709 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.6 ms