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| UPP1 | Q16831 | AL357312.1-201 | ENST00000603879 | 298 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | AL162730.1-201 | ENST00000605734 | 292 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
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| UPP1 | Q16831 | C9orf84-201 | ENST00000318737 | 4661 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
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| UPP1 | Q16831 | AL442067.1-201 | ENST00000613261 | 223 nt | BASIC | 1.04 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | EVI2B-201 | ENST00000330927 | 1999 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.04 | □□□□□ -2.24 | | |
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| UPP1 | Q16831 | MIR4764-201 | ENST00000580680 | 88 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC032019.2-201 | ENST00000584916 | 403 nt | TSL 5 BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | BX284668.6-201 | ENST00000606899 | 438 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC006441.5-201 | ENST00000612680 | 209 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | RMST_2.1-201 | ENST00000617263 | 136 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | NPPA-AS1_2.1-201 | ENST00000618496 | 149 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | LINC01068-202 | ENST00000620874 | 626 nt | TSL 3 BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| UPP1 | Q16831 | MT-ATP8-201 | ENST00000361851 | 207 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-653P-201 | ENST00000363074 | 106 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.242-201 | ENST00000364473 | 110 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.307-201 | ENST00000365022 | 117 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU4-17P-201 | ENST00000365598 | 141 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC245047.7-201 | ENST00000440265 | 293 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | AL442644.1-201 | ENST00000454390 | 3105 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | snoU13.25-201 | ENST00000458945 | 104 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | SCARNA8-201 | ENST00000515924 | 131 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.666-201 | ENST00000516187 | 112 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU7-181P-201 | ENST00000517234 | 74 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR3973-201 | ENST00000579824 | 107 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR5688-201 | ENST00000580619 | 83 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC011921.3-201 | ENST00000605540 | 361 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR6857-201 | ENST00000613267 | 93 nt | BASIC | 1.02 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.262-201 | ENST00000364641 | 102 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-463P-201 | ENST00000384340 | 107 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.486-201 | ENST00000384398 | 107 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR570-201 | ENST00000384917 | 97 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-910P-201 | ENST00000390844 | 107 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.622-201 | ENST00000411091 | 108 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC095059.1-201 | ENST00000502570 | 349 nt | TSL 5 BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC137770.1-201 | ENST00000504620 | 530 nt | TSL 3 BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNY3P16-201 | ENST00000516338 | 101 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU7-43P-201 | ENST00000516554 | 64 nt | BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |