Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.370-201ENST00000365589 108 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-1031P-201ENST00000384773 107 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 HMGN2P3-201ENST00000433603 273 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 HMGN2P5-201ENST00000436882 273 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNA5SP367-201ENST00000516557 118 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 FAM71BP1-201ENST00000604431 523 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC062037.1-201ENST00000605302 128 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MIR203B-201ENST00000636080 86 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC108206.1-201ENST00000570186 4159 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 SIRT1-202ENST00000403579 3333 ntTSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 ZMYM1-201ENST00000359858 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 KIAA1107-202ENST00000636278 4065 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MUC15-202ENST00000436318 3118 ntTSL 5 BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-363P-201ENST00000362895 105 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.171-201ENST00000363760 102 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 SNORA38-201ENST00000363946 132 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.342-201ENST00000365352 113 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MIR1283-2-201ENST00000408621 87 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 PGBD4P5-201ENST00000445958 426 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC234781.5-202ENST00000453508 426 ntTSL 3 BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU7-67P-201ENST00000459003 62 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU7-113P-201ENST00000459273 62 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNVU1-2-201ENST00000516326 135 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-1258P-201ENST00000516911 111 ntBASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 CREBRF-201ENST00000296953 7778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 VPS54-202ENST00000354504 3594 ntTSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 OR2L2-203ENST00000642011 4225 ntAPPRIS P1 BASIC3.03□□□□□ -1.92
USP4Q13107 PRKACB-204ENST00000370685 4481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AP006437.1-201ENST00000641440 3685 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC011124.2-201ENST00000518739 3222 ntTSL 1 (best) BASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORD115-19-201ENST00000363098 82 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORD115-18-201ENST00000363293 82 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORD115-17-201ENST00000364612 82 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-409P-201ENST00000384114 104 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR452-201ENST00000385020 85 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-1319P-201ENST00000390855 104 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-747P-201ENST00000390928 104 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-241P-201ENST00000391148 104 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 Y_RNA.601-201ENST00000410500 113 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU2-7P-201ENST00000410794 178 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-177P-201ENST00000411257 104 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AP004217.1-201ENST00000480579 346 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC108752.1-201ENST00000484679 576 ntTSL 5 BASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RN7SKP132-201ENST00000516001 208 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SCARNA16.3-201ENST00000516595 184 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNA5SP137-201ENST00000516833 135 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR3152-201ENST00000579801 74 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR3162-201ENST00000581818 82 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC103810.6-201ENST00000606708 136 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC064859.1-201ENST00000624741 174 ntBASIC3.02□□□□□ -1.93
USP4Q13107 Y_RNA.299-201ENST00000364973 94 ntBASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR136-201ENST00000385207 82 ntBASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU4-69P-201ENST00000410677 143 ntBASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-733P-201ENST00000410759 104 ntBASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-893P-201ENST00000458841 100 ntBASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SLITRK6-201ENST00000400286 4318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.01□□□□□ -1.93
USP4Q13107 ZMYM2-203ENST00000382874 10139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MCF2-208ENST00000519895 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU4-67P-201ENST00000364569 141 ntBASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR605-201ENST00000385078 83 ntBASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNA5SP274-201ENST00000410484 108 ntBASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNA5SP57-201ENST00000459463 123 ntBASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR4319-201ENST00000577285 85 ntBASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC068631.1-220ENST00000630726 256 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
USP4Q13107 ARHGAP5-202ENST00000345122 9604 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 LCOR-205ENST00000421806 16004 ntTSL 3 BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 CFH-202ENST00000367429 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 OGN-201ENST00000262551 2971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC062016.1-201ENST00000355719 319 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 Y_RNA.10-201ENST00000362371 110 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNA5SP173-201ENST00000364857 136 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU1-109P-201ENST00000383960 147 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORA70.7-201ENST00000384159 133 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR520A-201ENST00000384862 85 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AL731684.2-201ENST00000426839 333 ntTSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU7-34P-201ENST00000459394 64 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RN7SL633P-201ENST00000488974 297 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNA5SP33-201ENST00000516687 98 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC026421.1-201ENST00000519101 163 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 GABRA2-209ENST00000510861 3411 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIER3-203ENST00000381213 5198 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 PCDH11Y-201ENST00000215473 4595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-1134P-201ENST00000365156 101 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 Y_RNA.360-201ENST00000365512 102 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 Y_RNA.466-201ENST00000384294 113 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR518A2-201ENST00000384966 87 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR450A2-201ENST00000385022 100 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR577-201ENST00000385196 96 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORA7.5-201ENST00000410672 110 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RPL23AP63-201ENST00000498752 471 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RPPH1-2P-201ENST00000516688 293 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU7-53P-201ENST00000516705 60 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 AC079600.2-201ENST00000550076 130 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 MIR4694-201ENST00000578534 80 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SLC6A15-202ENST00000309283 3108 ntTSL 5 BASIC2.97□□□□□ -1.93
USP4Q13107 ZNF567-201ENST00000360729 2691 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
USP4Q13107 FGF14-201ENST00000376131 12882 ntTSL 1 (best) BASIC2.97□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORA22.1-201ENST00000362701 134 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
USP4Q13107 SNORD115-2-201ENST00000362842 82 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
USP4Q13107 RNU6-832P-201ENST00000363319 107 ntBASIC2.97□□□□□ -1.93
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