| RUNX3 | Q13761 | AL021707.8-201 | ENST00000609428 | 183 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UGP2-230 | ENST00000626380 | 276 nt | TSL 5 BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KTN1-205 | ENST00000395314 | 4618 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BRDT-206 | ENST00000402388 | 3125 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.65-201 | ENST00000362846 | 100 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-653P-201 | ENST00000363074 | 106 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU2_19.4-201 | ENST00000364329 | 80 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.293-201 | ENST00000364908 | 93 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD50B-201 | ENST00000364995 | 70 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR222-201 | ENST00000384992 | 110 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR150-201 | ENST00000385048 | 84 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC2P-201 | ENST00000387943 | 126 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-78P-201 | ENST00000391248 | 165 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL136320.1-201 | ENST00000417273 | 430 nt | TSL 3 BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MLLT10P1-201 | ENST00000418346 | 262 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC114811.1-201 | ENST00000507207 | 168 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNY3P16-201 | ENST00000516338 | 101 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL23AP91-201 | ENST00000569211 | 455 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC120024.3-201 | ENST00000603167 | 156 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL442067.1-201 | ENST00000613261 | 223 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR8063-201 | ENST00000621930 | 81 nt | BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EYS-205 | ENST00000393380 | 5450 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.292-201 | ENST00000364904 | 97 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.304-201 | ENST00000365011 | 112 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR526A1-201 | ENST00000384897 | 85 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD72-201 | ENST00000390994 | 80 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001043.2-201 | ENST00000434589 | 288 nt | TSL 3 BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC027119.1-201 | ENST00000440877 | 241 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092991.1-201 | ENST00000477176 | 376 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4422-201 | ENST00000581938 | 83 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM106DP-201 | ENST00000586416 | 501 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL365265.1-201 | ENST00000621045 | 234 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC106754.2-201 | ENST00000623006 | 233 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD3E-202 | ENST00000627253 | 216 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.24-201 | ENST00000362508 | 103 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-379P-201 | ENST00000363813 | 104 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNY4P28-201 | ENST00000365281 | 93 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC245047.8-201 | ENST00000456455 | 284 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P1-201 | ENST00000465274 | 159 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA8-201 | ENST00000515924 | 131 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-917P-201 | ENST00000516294 | 104 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.679-201 | ENST00000516416 | 91 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-453P-201 | ENST00000516819 | 85 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019176.1-201 | ENST00000518519 | 225 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BX284668.6-201 | ENST00000606899 | 438 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL365434.2-201 | ENST00000607979 | 234 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6767-201 | ENST00000637302 | 66 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR367-201 | ENST00000362299 | 68 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.229-201 | ENST00000364347 | 113 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-144P-201 | ENST00000383951 | 107 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR626-201 | ENST00000385032 | 94 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MT-TT-201 | ENST00000387460 | 66 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR526A2-201 | ENST00000390198 | 65 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL30P13-201 | ENST00000418873 | 348 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS27P16-201 | ENST00000425758 | 201 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01073-201 | ENST00000441659 | 149 nt | TSL 3 BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC122707.1-201 | ENST00000502882 | 219 nt | TSL 2 BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CYCTP-201 | ENST00000504253 | 315 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC079140.2-201 | ENST00000506193 | 142 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068658.1-201 | ENST00000507509 | 388 nt | TSL 2 BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-12P-201 | ENST00000516030 | 62 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1271P-201 | ENST00000517049 | 105 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090821.2-201 | ENST00000523552 | 176 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4724-201 | ENST00000579485 | 89 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001485.1-201 | ENST00000604799 | 199 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.802-201 | ENST00000614892 | 130 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR7974-201 | ENST00000615835 | 79 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC078938.1-201 | ENST00000620993 | 318 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF415-224 | ENST00000601493 | 2132 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL442644.1-201 | ENST00000454390 | 3105 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.188-201 | ENST00000363952 | 111 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNY1-201 | ENST00000364228 | 113 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA20.1-201 | ENST00000364790 | 130 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP259-201 | ENST00000365541 | 109 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-163P-201 | ENST00000384396 | 106 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-131P-201 | ENST00000391144 | 107 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD45.4-201 | ENST00000516629 | 73 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008507.4-201 | ENST00000585464 | 127 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049861.1-201 | ENST00000603130 | 150 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | JPX_2.1-201 | ENST00000614161 | 69 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR26B-201 | ENST00000362251 | 77 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD33-201 | ENST00000362761 | 85 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-833P-201 | ENST00000363486 | 107 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.308-201 | ENST00000365043 | 101 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.401-201 | ENST00000383965 | 117 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.478-201 | ENST00000384358 | 107 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA8.3-201 | ENST00000384679 | 139 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-381P-201 | ENST00000391259 | 108 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.626-201 | ENST00000411288 | 95 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPGP14-201 | ENST00000435400 | 219 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS23P4-201 | ENST00000487908 | 423 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-113P-201 | ENST00000516653 | 101 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-388P-201 | ENST00000517012 | 105 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-389P-201 | ENST00000517048 | 105 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-902P-201 | ENST00000517212 | 91 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC130289.1-201 | ENST00000577321 | 73 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4308-201 | ENST00000580634 | 81 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006006.1-201 | ENST00000603082 | 144 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC027279.3-201 | ENST00000625055 | 122 nt | BASIC | 1.12 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-199P-201 | ENST00000362954 | 107 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |