Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Cadps2-206ENSMUST00000115361 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Fam169b-201ENSMUST00000098378 2776 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Cspg5-201ENSMUST00000035058 3870 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Prodh2-201ENSMUST00000058280 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Rmi2-201ENSMUST00000037913 3742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Parp6-201ENSMUST00000026267 2709 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Snx14-206ENSMUST00000173039 2970 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Meis2-204ENSMUST00000110906 3229 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Adcy1-201ENSMUST00000020706 12259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Tulp3-201ENSMUST00000001562 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Atf3-201ENSMUST00000027941 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Kpna4-201ENSMUST00000029353 8819 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Agbl5-213ENSMUST00000201917 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Ip6k2-206ENSMUST00000193560 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 9530082P21Rik-202ENSMUST00000181291 1798 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Hsph1-209ENSMUST00000202089 3054 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim40Q3UWA4 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Lamc1-201ENSMUST00000027752 7622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Adamts17-201ENSMUST00000098382 6025 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Anks1-201ENSMUST00000025058 6844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Baz1b-201ENSMUST00000002825 6492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm44729-201ENSMUST00000206759 2052 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Shroom1-204ENSMUST00000109013 3312 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm31774-201ENSMUST00000212910 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Coro1c-201ENSMUST00000004646 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Dyrk3-201ENSMUST00000016670 3164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Pitpnm2-209ENSMUST00000161938 5866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Slc39a11-201ENSMUST00000042657 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Kif12-205ENSMUST00000156618 2258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Cfap97-202ENSMUST00000110376 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim40Q3UWA4 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms