Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Map4k5-202ENSMUST00000110567 4250 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 Map3k3-201ENSMUST00000002044 3450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 F2-201ENSMUST00000028681 1988 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Pxk-205ENSMUST00000225653 2765 ntAPPRIS P2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm45609-206ENSMUST00000210176 1023 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Klhl26-202ENSMUST00000166976 2734 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Sec24a-203ENSMUST00000109092 2094 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Atp2b3-203ENSMUST00000114479 4637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Cdkl3-201ENSMUST00000063303 2765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Rspry1-202ENSMUST00000121101 3092 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm45277-201ENSMUST00000210549 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Syt17-204ENSMUST00000203796 2957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Cacna2d3-201ENSMUST00000022567 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Pak2-201ENSMUST00000023467 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Grm4-201ENSMUST00000118161 4537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Spag1-202ENSMUST00000171205 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Psmd5-201ENSMUST00000028225 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Rnf40Q3U319 Cd2bp2-201ENSMUST00000035771 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Arhgef25-201ENSMUST00000019611 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
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