Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Flt1-203ENSMUST00000110529 6292 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Mcm9-201ENSMUST00000075540 4882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rflnb-201ENSMUST00000021207 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Slc23a3-201ENSMUST00000027405 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Foxp4-202ENSMUST00000113262 3198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 1700001O22Rik-201ENSMUST00000050003 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Narfl-201ENSMUST00000002350 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zmynd11-207ENSMUST00000110638 4003 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm13074-201ENSMUST00000124848 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 D930048G16Rik-201ENSMUST00000180975 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Nap1l4-206ENSMUST00000208190 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ace-201ENSMUST00000001963 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Acox1-201ENSMUST00000066587 3987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Col13a1-203ENSMUST00000105452 3037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Dctd-203ENSMUST00000170263 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Wipi1-201ENSMUST00000047186 3338 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Inhbc-201ENSMUST00000026472 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 P2ry2-206ENSMUST00000208340 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Pcdha3-201ENSMUST00000192503 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Lbp-201ENSMUST00000016168 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zfp786-201ENSMUST00000058844 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Mphosph8-201ENSMUST00000116468 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ppp1r2-201ENSMUST00000060188 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Bcor-204ENSMUST00000115513 6941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 6430548M08Rik-204ENSMUST00000108951 5531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Tlnrd1-201ENSMUST00000094216 4433 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Aifm1-202ENSMUST00000114945 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gprin1-201ENSMUST00000099506 4141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Dcdc2a-201ENSMUST00000036932 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Errfi1-201ENSMUST00000030811 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Large2-201ENSMUST00000068586 2445 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Sctr-202ENSMUST00000189037 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Mau2-204ENSMUST00000212308 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Usp30-201ENSMUST00000031588 4604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Terf1-203ENSMUST00000188371 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rnf14-203ENSMUST00000171461 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 A830018L16Rik-201ENSMUST00000048613 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rims3-201ENSMUST00000071093 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Cdyl2-201ENSMUST00000109102 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Hebp2-203ENSMUST00000214548 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Camkv-201ENSMUST00000035700 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Hr-201ENSMUST00000022691 5487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Cnih3-201ENSMUST00000027795 2668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Pcdhb22-201ENSMUST00000097609 2266 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Pou2f2-201ENSMUST00000098679 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 B4galt3-201ENSMUST00000064272 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Ube2d3-212ENSMUST00000197859 3833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Col28a1Q2UY11 Hist3h2a-201ENSMUST00000108817 2146 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Hsf4-201ENSMUST00000036127 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.1 ms