Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

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Length 217 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 RNA5SP257-201ENST00000363023 116 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 LINC00583-201ENST00000381010 387 ntTSL 2 BASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 Y_RNA.554-201ENST00000384672 102 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 SNORD12-201ENST00000391002 90 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AL139396.1-201ENST00000421137 167 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AC092783.1-201ENST00000435832 231 ntTSL 3 BASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AC002429.1-201ENST00000437672 148 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AC104332.1-201ENST00000440471 797 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 MIR3684-201ENST00000579779 74 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AC091178.2-201ENST00000584401 117 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 AL357075.2-201ENST00000614906 189 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CLDN9O95484 CCDC14-221ENST00000489746 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC0.84□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.124-201ENST00000363339 93 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.157-201ENST00000363638 102 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU4-12P-201ENST00000365233 139 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.363-201ENST00000365529 113 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.450-201ENST00000384198 113 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR329-1-201ENST00000385028 80 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 ELOCP21-201ENST00000412558 336 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 EIF1P2-201ENST00000428233 350 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL357873.1-201ENST00000449215 282 ntTSL 3 BASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORD5.1-201ENST00000458800 75 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-1278P-201ENST00000516130 107 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL121579.1-201ENST00000555129 305 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC090510.1-201ENST00000567456 425 ntTSL 3 BASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR6857-201ENST00000613267 93 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 EFCAB5-213ENST00000638539 168 ntTSL 5 BASIC0.83□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MCMDC2-207ENST00000492775 1831 ntTSL 1 (best) BASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR373-201ENST00000362273 69 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNA5SP361-201ENST00000362686 118 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORD114-2-201ENST00000363953 78 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-879P-201ENST00000364328 108 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORD114-24-201ENST00000365029 72 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.473-201ENST00000384333 102 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNA5SP482-201ENST00000391269 118 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR190B-201ENST00000401119 79 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNA5SP118-201ENST00000410385 109 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC233266.1-201ENST00000454518 96 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 PDCD5P2-201ENST00000507570 312 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SEMA6A-AS1-204ENST00000510682 521 ntTSL 5 BASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 ACA64.5-201ENST00000516207 127 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 DEFB108E-201ENST00000524692 240 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC036111.3-201ENST00000526389 112 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AP002001.1-203ENST00000534002 267 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL117336.2-201ENST00000602435 335 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC242852.1-201ENST00000612151 96 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC104260.1-201ENST00000616660 539 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL109933.3-201ENST00000619095 188 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC244015.1-201ENST00000622301 99 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 ZRANB2-AS2-222ENST00000625045 1014 ntTSL 5 BASIC0.82□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.364-201ENST00000365532 101 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.436-201ENST00000384097 102 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORA80D-201ENST00000384488 135 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.573-201ENST00000384763 105 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-700P-201ENST00000391043 107 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNA5SP127-201ENST00000411051 133 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC108488.2-201ENST00000438485 421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL137792.2-201ENST00000443484 235 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC093534.1-201ENST00000504977 132 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR5701-3-201ENST00000578890 82 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR5701-1-201ENST00000585138 82 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC068790.6-201ENST00000602558 258 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 FAM71BP1-201ENST00000604431 523 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR5701-2-201ENST00000615634 82 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 FAM135A-203ENST00000370479 5930 ntTSL 1 (best) BASIC0.81□□□□□ -2.28
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CLDN9O95484 Y_RNA.498-201ENST00000384460 102 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC016907.1-201ENST00000419483 435 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 PSPC1-AS2-201ENST00000423023 376 ntTSL 3 BASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL353997.1-201ENST00000432936 108 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL353614.1-201ENST00000445631 206 ntTSL 5 BASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 PCNPP5-201ENST00000452246 481 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC079467.1-201ENST00000508512 503 ntTSL 3 BASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU4-49P-201ENST00000516080 140 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-351P-201ENST00000516097 100 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORD111.1-201ENST00000516421 86 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
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CLDN9O95484 ZNF415-224ENST00000601493 2132 ntTSL 1 (best) BASIC0.8□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 KLRA1P-203ENST00000535939 2353 ntTSL 1 (best) BASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIRLET7C-201ENST00000362160 84 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.2-201ENST00000362330 96 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 SNORD114-23-201ENST00000363536 72 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 Y_RNA.301-201ENST00000364990 103 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 DEFB134-201ENST00000382205 314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-969P-201ENST00000383900 105 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-1145P-201ENST00000384246 107 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR200A-201ENST00000384875 90 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MIR873-201ENST00000401120 77 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC114482.1-201ENST00000418010 247 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 LINC01399-202ENST00000458450 244 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 RNU6-625P-201ENST00000459412 107 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AL049830.1-201ENST00000468034 425 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 MTND5P5-201ENST00000503764 376 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CLDN9O95484 AC074133.1-201ENST00000515696 183 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
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