Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL157688.1-201ENST00000555990 369 ntTSL 3 BASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 MIR3198-2-201ENST00000577868 80 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 MIR4719-201ENST00000585233 84 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 Y_RNA.812-201ENST00000610788 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 AL021879.1-201ENST00000611756 288 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 Y_RNA.784-201ENST00000613803 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 Y_RNA.787-201ENST00000616522 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 Y_RNA.780-201ENST00000617336 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 Y_RNA.801-201ENST00000619005 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 U1.36-201ENST00000620684 176 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 TTK-211ENST00000627129 240 ntTSL 5 BASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 ZNF404-202ENST00000587539 1851 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 CUL2-206ENST00000421317 2376 ntTSL 2 BASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 AC025539.1-201ENST00000515343 4019 ntTSL 2 BASIC1.41□□□□□ -2.18
SHHQ15465 AP000648.3-201ENST00000623539 4507 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU5B-2P-201ENST00000363036 113 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.106-201ENST00000363189 100 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.153-201ENST00000363615 91 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.162-201ENST00000363683 102 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-593P-201ENST00000364716 112 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-203P-201ENST00000384038 104 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-378P-201ENST00000384324 107 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-784P-201ENST00000384330 106 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-738P-201ENST00000384531 106 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR1302-11-201ENST00000408051 138 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR1302-9-201ENST00000408365 138 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR1302-10-201ENST00000408734 138 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-130P-201ENST00000411112 103 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL356010.2-201ENST00000422844 197 ntTSL 3 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RPS15AP10-201ENST00000432472 382 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC008080.3-201ENST00000440074 380 ntTSL 3 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 PLCB1-IT1-201ENST00000441231 373 ntTSL 3 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 DAP3P1-201ENST00000441522 278 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL592309.2-201ENST00000444647 607 ntTSL 5 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 LINC01032-201ENST00000451690 276 ntTSL 5 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC010469.2-201ENST00000496412 480 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC093852.1-201ENST00000503587 266 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC008834.1-201ENST00000511612 175 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 ACA59.1-201ENST00000515966 143 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC019176.1-201ENST00000518519 225 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC084816.1-207ENST00000538317 584 ntTSL 4 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR5188-201ENST00000583467 113 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC073413.2-201ENST00000604332 360 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR1302-2-201ENST00000607096 138 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC103810.8-201ENST00000607347 118 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 PART1_1.1-201ENST00000611761 217 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL357075.2-201ENST00000614906 189 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MPP6-209ENST00000625307 126 ntTSL 5 BASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR4272-201ENST00000635924 64 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MTND5P16-201ENST00000460269 1703 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
SHHQ15465 LRRD1-203ENST00000430130 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 ZNF299P-201ENST00000406845 1804 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU4-15P-201ENST00000362613 141 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-944P-201ENST00000364023 107 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.252-201ENST00000364556 101 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.364-201ENST00000365532 101 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.431-201ENST00000384086 102 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-318P-201ENST00000384283 103 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNY1P4-201ENST00000384595 115 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.557-201ENST00000384680 107 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR32-201ENST00000384965 70 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 SNORA12.2-201ENST00000391040 156 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 CPEB3_ribozyme.1-201ENST00000408115 78 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR1262-201ENST00000408276 93 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RN7SKP51-201ENST00000410781 304 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL590135.1-201ENST00000422215 156 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC019205.3-201ENST00000424573 156 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 CEP57L1P1-201ENST00000430943 1201 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC005154.1-208ENST00000440438 353 ntTSL 5 BASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC016700.2-201ENST00000446011 156 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC112492.4-201ENST00000456549 352 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 PRELID3BP1-201ENST00000457142 540 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MTND5P22-201ENST00000458380 195 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU1-98P-201ENST00000458992 160 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU7-87P-201ENST00000459343 62 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC087477.1-201ENST00000465747 340 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AP000870.1-201ENST00000472927 406 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RPL17P19-201ENST00000489069 552 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC015911.1-201ENST00000495111 156 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 LINC02233-201ENST00000513718 358 ntTSL 3 BASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-397P-201ENST00000516226 104 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-327P-201ENST00000516270 127 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC109479.2-201ENST00000517842 174 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC055872.1-201ENST00000570978 278 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AP006219.1-201ENST00000580258 472 ntTSL 3 BASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RN7SL793P-201ENST00000583259 296 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC008737.2-201ENST00000599446 118 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL078596.1-201ENST00000624856 447 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
SHHQ15465 SKIL-204ENST00000458537 7182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 SNORA63-201ENST00000363450 132 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 Y_RNA.222-201ENST00000364264 102 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-596P-201ENST00000365395 98 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-926P-201ENST00000384075 107 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-968P-201ENST00000384076 107 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU1-139P-201ENST00000391307 165 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR934-201ENST00000401241 83 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MRPL42P3-201ENST00000401492 326 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 U8.21-201ENST00000459536 136 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 CPHL1P-203ENST00000471823 523 ntTSL 5 BASIC1.38□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC098869.1-201ENST00000481627 292 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
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