Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MIR3915-201ENST00000578518 97 ntBASIC0.61□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AL513534.2-201ENST00000603836 250 ntBASIC0.61□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MIR8054-201ENST00000620877 86 ntBASIC0.61□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC068792.1-201ENST00000621354 417 ntBASIC0.61□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 Y_RNA.251-201ENST00000364551 99 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 TRAJ6-201ENST00000390531 62 ntAPPRIS P1 BASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MIR208B-201ENST00000401172 77 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MIR1253-201ENST00000408273 105 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU2-70P-201ENST00000410718 179 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 NDUFB4P10-201ENST00000452541 359 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU6-1069P-201ENST00000516612 133 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU1-142P-201ENST00000516682 145 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC136932.1-201ENST00000574771 208 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MIR4653-201ENST00000585107 83 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC016597.2-201ENST00000613256 341 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC007494.3-201ENST00000624660 743 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 TTK-211ENST00000627129 240 ntTSL 5 BASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MIR338-201ENST00000636369 67 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AP3S1-209ENST00000640413 489 ntTSL 5 BASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MTND4P5-201ENST00000435821 1374 ntBASIC0.6□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU4-66P-201ENST00000365199 138 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU6-933P-201ENST00000384424 107 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 DEFB110-202ENST00000393660 189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AL359081.1-201ENST00000432083 615 ntTSL 2 BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC008568.1-203ENST00000433406 765 ntTSL 3 BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 SIRPG-AS1-201ENST00000437384 410 ntTSL 3 BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC009237.7-201ENST00000447357 229 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 SCARNA18-201ENST00000459004 134 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 SRRM1P2-201ENST00000464531 1192 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RPL39P38-201ENST00000467018 153 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC110799.1-201ENST00000509098 449 ntTSL 3 BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNU6-1129P-201ENST00000515964 104 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 SNHG14-219ENST00000553134 470 ntTSL 2 BASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 MTCO3P23-201ENST00000561363 289 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC068790.6-201ENST00000602558 258 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC021506.2-201ENST00000612354 169 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 AC126177.8-201ENST00000618339 1015 ntBASIC0.59□□□□□ -2.31
SCN9AQ15858 RNA5SP259-201ENST00000365541 109 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 Y_RNA.399-201ENST00000383955 105 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-1065P-201ENST00000384513 106 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MIR200A-201ENST00000384875 90 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MIR549A-201ENST00000385268 96 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MTND2P18-201ENST00000419962 1030 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MTND2P39-201ENST00000457230 764 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU7-34P-201ENST00000459394 64 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU2-69P-201ENST00000516061 100 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 SNORA14.1-201ENST00000516113 141 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC010620.1-201ENST00000601088 1102 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC234772.3-201ENST00000602277 528 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AL021879.1-201ENST00000611756 288 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 snoZ196.1-201ENST00000625269 89 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC068137.4-201ENST00000638485 296 ntBASIC0.59□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 FGF7P2-201ENST00000332473 296 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU1-76P-201ENST00000362903 159 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MT-TH-201ENST00000387441 69 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 SNAP23-203ENST00000397138 477 ntTSL 1 (best) BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RPS26P42-201ENST00000413485 326 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC245047.3-201ENST00000429428 127 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AF124730.1-201ENST00000430001 327 ntTSL 2 BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC106744.2-201ENST00000513955 898 ntTSL 5 BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-322P-201ENST00000516010 103 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNA5SP54-201ENST00000516951 92 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC011939.2-201ENST00000567396 428 ntTSL 3 BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC022035.1-201ENST00000579923 302 ntTSL 2 BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 BNIP3P39-201ENST00000601077 554 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 Z99497.2-201ENST00000603634 310 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC064872.1-201ENST00000604823 1072 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-85P-201ENST00000605989 107 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC022960.3-201ENST00000619794 441 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 C18orf54-201ENST00000300091 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 CEP290-203ENST00000547691 5968 ntTSL 1 (best) BASIC0.58□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-227P-201ENST00000362865 103 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-877P-201ENST00000383868 107 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MIR100-201ENST00000385259 80 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 LINC02264-201ENST00000442020 576 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AL606517.2-201ENST00000442855 241 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 OFD1P4Y-201ENST00000455273 1179 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 PLSCR5-AS1-201ENST00000473817 450 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AF186996.7-201ENST00000492781 209 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AL133373.1-201ENST00000497098 94 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC104663.1-201ENST00000508555 557 ntTSL 2 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 CARD18-202ENST00000530950 652 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 PWRN1-205ENST00000565295 465 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MIR3664-201ENST00000579074 99 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC022432.1-201ENST00000595739 310 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-1240P-201ENST00000365155 104 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 SNORA4.2-201ENST00000365313 147 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 MIR548B-201ENST00000385247 97 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 SNORA16.2-201ENST00000390991 127 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU2-9P-201ENST00000410194 145 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AL355314.2-201ENST00000427182 436 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AL445259.1-203ENST00000427828 251 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC048334.1-201ENST00000477975 159 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC091435.1-201ENST00000505442 584 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC091917.1-201ENST00000506330 566 ntTSL 4 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC010493.1-201ENST00000513479 292 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-759P-201ENST00000516740 103 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 RNU6-1198P-201ENST00000516904 67 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 AC106038.2-201ENST00000520706 568 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SCN9AQ15858 LINC01495-202ENST00000534135 343 ntTSL 2 BASIC0.57□□□□□ -2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.5 ms