Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Dzip3-201ENSMUST00000114516 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Edem3-202ENSMUST00000187951 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Slc25a22-201ENSMUST00000019226 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Slc24a4-202ENSMUST00000159329 4465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Usp43-201ENSMUST00000021288 4462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Midn-202ENSMUST00000099492 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Tatdn2-205ENSMUST00000204753 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Rnf114-202ENSMUST00000109214 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
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Rnf40Q3U319 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Sctr-202ENSMUST00000189037 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 Vps37c-201ENSMUST00000087951 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Slc43a3-201ENSMUST00000090726 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 9130017K11Rik-202ENSMUST00000135670 3338 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Fgfr1op2-203ENSMUST00000067404 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 4930431F12Rik-202ENSMUST00000199309 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ctdp1-201ENSMUST00000036229 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
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Rnf40Q3U319 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms