Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Uso1-201ENSMUST00000031355 3898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ttc6-203ENSMUST00000172939 5782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ddhd1-201ENSMUST00000051310 5012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Dnajc19-201ENSMUST00000011029 2499 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm45412-201ENSMUST00000210217 2275 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Paxx-201ENSMUST00000114261 981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm3336-202ENSMUST00000213065 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rpl27-201ENSMUST00000077856 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 A130006I12Rik-201ENSMUST00000091396 408 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Hist2h3b-201ENSMUST00000098843 488 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 AI661453-201ENSMUST00000037701 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm11795-201ENSMUST00000127180 396 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Cdpf1-203ENSMUST00000134631 786 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Il10rb-201ENSMUST00000023691 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm2694-204ENSMUST00000181898 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Apaf1-208ENSMUST00000162618 5151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 4930445N18Rik-202ENSMUST00000181345 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Msantd1-204ENSMUST00000212362 798 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mrpl46-201ENSMUST00000032841 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Lrrtm1-202ENSMUST00000159616 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gopc-202ENSMUST00000105475 4317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Sec61a1-201ENSMUST00000032168 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Prss56-201ENSMUST00000044533 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Tmem176a-202ENSMUST00000168406 1086 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mir3113-201ENSMUST00000175478 76 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Flg-204ENSMUST00000178752 756 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Lrch3-211ENSMUST00000170899 2752 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Taok3-203ENSMUST00000111978 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Dnmt3a-ps1-201ENSMUST00000192011 1271 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 H2-Bl-211ENSMUST00000195838 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Higd1a-206ENSMUST00000215300 605 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.8 ms