Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 Chrm3-202ENSMUST00000187510 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 9530068E07Rik-201ENSMUST00000036952 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Mier2-203ENSMUST00000165028 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Il7-203ENSMUST00000192202 2057 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Cpne6-207ENSMUST00000171643 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gnal-201ENSMUST00000025402 5616 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm44430-201ENSMUST00000203376 995 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Patz1-205ENSMUST00000110043 3702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Il6st-206ENSMUST00000183886 3004 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Umad1-202ENSMUST00000159335 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dpys-201ENSMUST00000022915 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dand5-201ENSMUST00000065539 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Kcnj14-201ENSMUST00000071937 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dancr-204ENSMUST00000132389 2347 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Dvl2-207ENSMUST00000190940 5037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ccdc71l-201ENSMUST00000172332 4240 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm26891-201ENSMUST00000181644 2599 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Cbx4O55187 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Cbx4O55187 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.9 ms