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| RUNX3 | Q13761 | AL138889.2-201 | ENST00000603883 | 242 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025754.2-201 | ENST00000606491 | 432 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-89P-201 | ENST00000606519 | 100 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DISC2.1-201 | ENST00000612827 | 205 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ST7-OT4_1.1-201 | ENST00000615322 | 200 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C8orf59-212 | ENST00000615697 | 483 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6132-201 | ENST00000622083 | 109 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090617.10-201 | ENST00000624308 | 134 nt | BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | IL33-201 | ENST00000381434 | 2641 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RGPD6-201 | ENST00000329516 | 7165 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.27 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092881.1-201 | ENST00000638218 | 2733 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MTND3P25-201 | ENST00000509243 | 135 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC007948.1-201 | ENST00000581632 | 242 nt | TSL 5 BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR548AC-201 | ENST00000585049 | 88 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC020895.1-201 | ENST00000595362 | 272 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL355598.1-201 | ENST00000604169 | 202 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NUTF2P8-201 | ENST00000604593 | 363 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104237.2-201 | ENST00000612456 | 443 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | WT1-AS_8.1-201 | ENST00000615200 | 275 nt | BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GYPB-216 | ENST00000638448 | 363 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.26 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TSGA10-205 | ENST00000410001 | 3036 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CASC19-280 | ENST00000642102 | 1351 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CEP70-211 | ENST00000484888 | 1993 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | COPS2-203 | ENST00000542928 | 1580 nt | TSL 2 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Z98749.2-208 | ENST00000381646 | 500 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-166P-201 | ENST00000384371 | 107 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-332P-201 | ENST00000391193 | 108 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356057.2-201 | ENST00000403318 | 432 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL023284.1-201 | ENST00000403956 | 276 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023141.4-201 | ENST00000412031 | 328 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P90-201 | ENST00000415692 | 466 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005482.1-201 | ENST00000420758 | 575 nt | TSL 4 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC016710.1-201 | ENST00000421326 | 466 nt | TSL 3 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353729.1-201 | ENST00000425044 | 720 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TTTY16-201 | ENST00000437686 | 192 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DYNLL1P5-201 | ENST00000467158 | 270 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC026801.1-201 | ENST00000497178 | 464 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO2P30-201 | ENST00000503662 | 364 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02377-202 | ENST00000505436 | 523 nt | TSL 5 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC034223.1-201 | ENST00000511054 | 599 nt | TSL 3 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPPH1-2P-201 | ENST00000516688 | 293 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-572P-201 | ENST00000516724 | 80 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL512791.1-201 | ENST00000555853 | 300 nt | TSL 3 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC060766.3-201 | ENST00000591442 | 263 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012254.1-201 | ENST00000592747 | 200 nt | TSL 3 BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BNIP3P25-201 | ENST00000596023 | 559 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CTHRC1P1-201 | ENST00000605383 | 469 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009831.4-201 | ENST00000620744 | 325 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006504.8-201 | ENST00000621046 | 635 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DUXAP9-208 | ENST00000622815 | 614 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NETO1-202 | ENST00000397929 | 1849 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004520.1-201 | ENST00000608362 | 1413 nt | BASIC | 2.25 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-384P-201 | ENST00000364900 | 104 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.8-201 | ENST00000365399 | 135 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-45P-201 | ENST00000384471 | 107 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-658P-201 | ENST00000384606 | 106 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.573-201 | ENST00000384763 | 105 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAJ21-201 | ENST00000390516 | 55 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356776.1-201 | ENST00000406574 | 447 nt | BASIC | 2.24 | □□□□□ -2.05 | | |