Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Uvrag-201ENSMUST00000037968 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Xpo6-201ENSMUST00000009344 4455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Ptch1-201ENSMUST00000021921 7725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Anks1b-214ENSMUST00000182356 7561 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Adarb1-202ENSMUST00000098374 6584 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Chmp4c-201ENSMUST00000029049 6188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Sybu-202ENSMUST00000110267 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Rps6ka1-201ENSMUST00000003741 3085 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Samd4-211ENSMUST00000228404 3039 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Cog8-202ENSMUST00000095517 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
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Use1Q9CQ56 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Specc1-210ENSMUST00000201723 2690 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Impad1-201ENSMUST00000084949 6543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Ythdf3-202ENSMUST00000108346 4929 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Shroom3-203ENSMUST00000113055 6765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Use1Q9CQ56 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.1 ms