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| RUNX3 | Q13761 | MCMDC2-201 | ENST00000313616 | 2043 nt | TSL 2 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139276.1-201 | ENST00000311910 | 1001 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-1-201 | ENST00000362705 | 72 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-552P-201 | ENST00000362869 | 119 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-996P-201 | ENST00000365438 | 107 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-20P-201 | ENST00000365601 | 151 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-550P-201 | ENST00000391057 | 101 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | CISD1P1-201 | ENST00000393907 | 327 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC003685.2-201 | ENST00000422795 | 395 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC092944.1-205 | ENST00000494885 | 517 nt | TSL 4 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01333-201 | ENST00000508083 | 724 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104806.1-201 | ENST00000508720 | 308 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-914P-201 | ENST00000516749 | 109 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC021242.2-203 | ENST00000521842 | 687 nt | TSL 3 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND1P35-201 | ENST00000526739 | 508 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000867.2-201 | ENST00000532468 | 320 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR15A-201 | ENST00000607334 | 83 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL160408.5-201 | ENST00000607759 | 526 nt | TSL 4 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC109471.3-201 | ENST00000625219 | 233 nt | TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006355.2-201 | ENST00000629240 | 317 nt | TSL 3 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01002-215 | ENST00000632203 | 314 nt | TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEPT14P19-202 | ENST00000632397 | 370 nt | TSL 3 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC215522.3-201 | ENST00000635602 | 354 nt | TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF85-203 | ENST00000345030 | 1689 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EVI2A-201 | ENST00000247270 | 1860 nt | APPRIS P3 TSL 2 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4M1-202 | ENST00000641200 | 3493 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PIK3CA-201 | ENST00000263967 | 9093 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EBAG9-210 | ENST00000620557 | 2186 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103993.1-201 | ENST00000521500 | 1584 nt | TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CCDC82-202 | ENST00000423339 | 1878 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010680.1-201 | ENST00000590024 | 3590 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.255-201 | ENST00000364581 | 97 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB125-201 | ENST00000382410 | 587 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA75B-201 | ENST00000384053 | 137 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-903P-201 | ENST00000391270 | 109 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1277-201 | ENST00000408536 | 78 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN2P35-201 | ENST00000412164 | 270 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL109924.3-201 | ENST00000413324 | 393 nt | TSL 2 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCYBP5-201 | ENST00000423752 | 1135 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01675-201 | ENST00000426519 | 701 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL591704.1-201 | ENST00000432574 | 275 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN2P3-201 | ENST00000433603 | 273 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS15AP28-201 | ENST00000435088 | 386 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPEP9-201 | ENST00000436794 | 238 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN2P5-201 | ENST00000436882 | 273 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4P25-201 | ENST00000441039 | 533 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL136972.1-201 | ENST00000443471 | 351 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00395-202 | ENST00000451570 | 415 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL160162.1-201 | ENST00000456715 | 442 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-261P-201 | ENST00000459506 | 102 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC046136.1-201 | ENST00000459855 | 533 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC108752.1-201 | ENST00000484679 | 576 nt | TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02377-201 | ENST00000500169 | 450 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MGC32805-203 | ENST00000506053 | 652 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC109927.2-201 | ENST00000506416 | 303 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEM1P1-201 | ENST00000506694 | 209 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091887.1-201 | ENST00000514002 | 439 nt | TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4ATAC8P-201 | ENST00000516196 | 109 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HDAC2-AS2-206 | ENST00000517965 | 850 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023200.1-201 | ENST00000519660 | 651 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UTP23-205 | ENST00000520733 | 369 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02546-202 | ENST00000528119 | 801 nt | TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025043.1-201 | ENST00000558047 | 625 nt | TSL 2 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PCLAF-207 | ENST00000559519 | 749 nt | TSL 2 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC026470.3-201 | ENST00000563994 | 438 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC105137.2-201 | ENST00000569073 | 466 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068135.2-201 | ENST00000569293 | 1028 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4801-201 | ENST00000582704 | 82 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01897-203 | ENST00000591503 | 369 nt | TSL 2 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |