Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AP002963.1-201ENST00000530590 184 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC123905.1-201ENST00000552098 541 ntTSL 4 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC124947.2-202ENST00000552735 133 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 TIMM9-208ENST00000556007 746 ntTSL 3 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC010546.1-201ENST00000569391 485 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC118755.1-201ENST00000572923 195 ntTSL 3 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC136618.2-201ENST00000575091 400 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 MIR7515HG-213ENST00000585872 758 ntTSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AP000403.1-201ENST00000603349 851 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC006566.1-201ENST00000608943 513 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 HULC.1-201ENST00000612720 240 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC025594.3-201ENST00000613068 790 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 MIR7844-201ENST00000616161 122 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 ZNF451-208ENST00000491832 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 CEP57-213ENST00000541150 2911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 ZNF639-206ENST00000484866 1730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SHHQ15465 ZGRF1-212ENST00000612287 2176 ntTSL 1 (best) BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 CDK1-209ENST00000614696 1884 ntTSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 U8.8-201ENST00000365399 135 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RABGGTB-202ENST00000370826 512 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RNU6-1122P-201ENST00000384449 107 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RNY3P10-201ENST00000384764 102 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 MIR514A1-201ENST00000385133 98 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 MIR767-201ENST00000390228 109 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 CCNG1P1-201ENST00000406783 885 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RNU2-66P-201ENST00000410650 161 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AF274854.1-201ENST00000413236 615 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 CDK8P2-201ENST00000415020 547 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 LINC00387-201ENST00000422609 458 ntTSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC098614.2-201ENST00000426040 255 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AL356583.2-201ENST00000426536 280 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RSU1P2-202ENST00000437884 485 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC093579.1-201ENST00000439455 352 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AL359636.3-201ENST00000439471 301 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC003989.2-201ENST00000440224 169 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC097493.1-201ENST00000463958 372 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 RPS27P27-201ENST00000498779 255 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AF213884.2-201ENST00000510417 903 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC113155.1-201ENST00000511141 769 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC114316.1-201ENST00000511323 278 ntTSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC010280.1-201ENST00000515199 340 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC022861.1-201ENST00000522981 663 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AP003122.4-201ENST00000530980 758 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC023442.3-201ENST00000532199 495 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC091489.2-201ENST00000566263 604 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 BNIP3P23-201ENST00000599655 511 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC108747.1-201ENST00000609508 535 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC002550.2-201ENST00000621246 394 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 BIRC6-AS2-201ENST00000623382 589 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC091953.2-201ENST00000623979 160 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC135776.4-201ENST00000624300 1904 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 LINC01592-202ENST00000518540 2367 ntTSL 2 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 PRKACB-204ENST00000370685 4481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC2.16□□□□□ -2.06
SHHQ15465 SCOC-202ENST00000394201 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.06
SHHQ15465 AC007785.2-201ENST00000598627 1916 ntBASIC2.15□□□□□ -2.06
SHHQ15465 C8orf59-201ENST00000321777 325 ntTSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 SET-203ENST00000372688 801 ntTSL 2 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 U8.14-201ENST00000390843 143 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC062039.1-201ENST00000414394 565 ntTSL 2 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC002456.1-201ENST00000415965 317 ntTSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL023581.1-201ENST00000423500 455 ntTSL 2 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL358075.3-201ENST00000426289 226 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC027124.2-201ENST00000428249 105 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC025038.1-201ENST00000433249 336 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 TRIM60P8Y-201ENST00000436338 762 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 SDCBPP1-201ENST00000440192 890 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC002381.1-201ENST00000447049 280 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC016751.1-201ENST00000458254 306 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 RPL31P41-201ENST00000477967 372 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 LINC01846-201ENST00000505908 651 ntTSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 EPGN-208ENST00000509145 222 ntTSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL117351.2-201ENST00000513571 157 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC116347.2-201ENST00000514912 523 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 RNU6-928P-201ENST00000516876 104 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AP003181.2-201ENST00000528941 181 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC103798.1-201ENST00000532562 376 ntTSL 2 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC121758.2-201ENST00000553271 193 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC016987.2-201ENST00000560696 351 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 MIR4528-201ENST00000577763 90 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 MIR5694-201ENST00000581190 76 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 LINC01899-202ENST00000583756 575 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 SNORA4-201ENST00000584302 138 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL353997.4-201ENST00000586196 166 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC087683.1-201ENST00000591187 441 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC068790.2-201ENST00000602601 557 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL645944.1-201ENST00000603857 493 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 BX248123.2-201ENST00000606318 124 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC091965.4-201ENST00000607691 587 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AF250324.2-201ENST00000608299 610 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 MIR6895-201ENST00000613497 78 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC034102.8-201ENST00000615146 484 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC159540.2-206ENST00000619371 355 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL445264.1-201ENST00000621719 171 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AL603839.4-201ENST00000624658 1005 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 AC025048.6-202ENST00000627667 438 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 ERBIN-202ENST00000380935 6692 ntTSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 TAB2-205ENST00000538427 4240 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 HSFY2-201ENST00000304790 1444 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 HSFY1-201ENST00000307393 1444 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
SHHQ15465 C1orf141-203ENST00000371007 2153 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC2.15□□□□□ -2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.9 ms