| RUNX3 | Q13761 | HELLS-201 | ENST00000239026 | 2740 nt | TSL 5 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AGTPBP1-205 | ENST00000376083 | 4208 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRKG2-206 | ENST00000545647 | 3852 nt | TSL 5 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1090P-201 | ENST00000364065 | 94 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FCF1P9-201 | ENST00000412546 | 282 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ELF3-AS1-201 | ENST00000415582 | 500 nt | TSL 2 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC114491.1-201 | ENST00000416095 | 246 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTATP6P18-201 | ENST00000417994 | 673 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006333.1-201 | ENST00000422401 | 410 nt | TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL355674.1-201 | ENST00000423681 | 648 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RAC1P6-201 | ENST00000423911 | 575 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC003071.1-201 | ENST00000451219 | 789 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP310-201 | ENST00000459084 | 116 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104472.2-201 | ENST00000469035 | 601 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121769.1-201 | ENST00000469473 | 401 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL135752.1-201 | ENST00000479477 | 471 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SL499P-201 | ENST00000481141 | 276 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AF213884.2-201 | ENST00000510417 | 903 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009646.1-201 | ENST00000510455 | 318 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC026436.1-201 | ENST00000510537 | 270 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-718P-201 | ENST00000516166 | 105 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP281-201 | ENST00000516504 | 135 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.704-201 | ENST00000516851 | 102 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022360.2-202 | ENST00000517308 | 407 nt | TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF706-202 | ENST00000517844 | 604 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4LP26-201 | ENST00000518144 | 282 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011257.1-201 | ENST00000519048 | 281 nt | TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IGKV3-31-201 | ENST00000523109 | 329 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022690.1-201 | ENST00000526681 | 550 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007619.1-201 | ENST00000544086 | 412 nt | TSL 5 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CPSF6-207 | ENST00000551516 | 234 nt | TSL 2 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF788-206 | ENST00000596883 | 692 nt | TSL 3 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.6-201 | ENST00000603753 | 252 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.11-201 | ENST00000604059 | 253 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008162.1-201 | ENST00000604718 | 254 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007363.1-201 | ENST00000604736 | 620 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.1-201 | ENST00000604752 | 252 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.5-201 | ENST00000605253 | 252 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.12-201 | ENST00000605291 | 253 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.8-201 | ENST00000605353 | 252 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.7-201 | ENST00000605823 | 252 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001596.2-201 | ENST00000608410 | 312 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009161.2-201 | ENST00000624626 | 138 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND1P37-201 | ENST00000636562 | 264 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSMD5-AS1-215 | ENST00000640622 | 205 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL137003.2-201 | ENST00000606924 | 2538 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZCCHC10-202 | ENST00000355372 | 2160 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MLF1-203 | ENST00000392822 | 2157 nt | TSL 5 BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC016717.2-201 | ENST00000609089 | 5141 nt | BASIC | 2.47 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GPR183-201 | ENST00000376414 | 1700 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CUL1P1-201 | ENST00000509510 | 2425 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNY1P12-201 | ENST00000364251 | 105 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-91P-201 | ENST00000364746 | 163 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-741P-201 | ENST00000383889 | 107 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD21-201 | ENST00000383953 | 95 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TANK-204 | ENST00000403609 | 555 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-648P-201 | ENST00000410190 | 107 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-33P-201 | ENST00000410344 | 192 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092809.3-201 | ENST00000415453 | 231 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL136369.2-201 | ENST00000420825 | 537 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445123.1-201 | ENST00000422023 | 446 nt | TSL 2 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BX276092.3-201 | ENST00000424182 | 230 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ISCA1P1-201 | ENST00000426679 | 387 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MED13P1-201 | ENST00000428342 | 171 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590383.1-201 | ENST00000428602 | 75 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL589986.2-201 | ENST00000429352 | 397 nt | TSL 2 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092573.2-201 | ENST00000434546 | 243 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL360169.1-201 | ENST00000435116 | 143 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPEP4-201 | ENST00000435815 | 279 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBE2V1P8-201 | ENST00000437166 | 265 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BNIP3P2-201 | ENST00000441221 | 577 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01510-201 | ENST00000441991 | 468 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL118523.1-201 | ENST00000444436 | 480 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018643.1-201 | ENST00000445459 | 414 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | WASF1P1-201 | ENST00000447560 | 1131 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSPHP1-201 | ENST00000450062 | 261 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL133481.3-201 | ENST00000456546 | 333 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-420P-201 | ENST00000458780 | 107 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MCCC1-AS1-201 | ENST00000471731 | 765 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL36AP51-201 | ENST00000487216 | 318 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023194.1-201 | ENST00000493084 | 308 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD27.1-201 | ENST00000516319 | 72 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-410P-201 | ENST00000517006 | 107 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00824-201 | ENST00000517583 | 805 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP003469.3-201 | ENST00000518090 | 473 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009269.4-201 | ENST00000557828 | 440 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSMA4-204 | ENST00000558094 | 651 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC044798.1-201 | ENST00000565146 | 418 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009145.3-201 | ENST00000567386 | 476 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1273D-201 | ENST00000577266 | 86 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01533-205 | ENST00000593056 | 607 nt | TSL 3 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MACROD2-IT1-202 | ENST00000605675 | 575 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL627309.6-201 | ENST00000606857 | 840 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC017083.3-201 | ENST00000609955 | 700 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBE2Q2P6-201 | ENST00000612666 | 153 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092794.1-201 | ENST00000612734 | 582 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL589994.2-201 | ENST00000621124 | 579 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008781.3-201 | ENST00000622826 | 335 nt | TSL 2 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC027309.3-201 | ENST00000623419 | 351 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC139792.3-201 | ENST00000623525 | 224 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |