Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Sh2d4a-201ENSMUST00000066594 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Tbc1d10b-201ENSMUST00000120705 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col28a1Q2UY11 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mbp-206ENSMUST00000102812 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Galnt13-204ENSMUST00000112636 7530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Clcn3-203ENSMUST00000093490 5518 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mvp-202ENSMUST00000165096 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fignl2-202ENSMUST00000213610 4462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Espn-212ENSMUST00000105658 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Map3k6-201ENSMUST00000030677 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Eif4g3-205ENSMUST00000105831 6235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 P3h1-201ENSMUST00000030393 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Bcor-202ENSMUST00000065143 6839 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Cog6-204ENSMUST00000193432 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Adrb3-202ENSMUST00000117565 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Casp2-201ENSMUST00000031895 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mapk8ip2-201ENSMUST00000023291 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gnal-201ENSMUST00000025402 5616 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Zxdc-202ENSMUST00000075117 4126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Zfp800-202ENSMUST00000115320 4311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Chrm3-202ENSMUST00000187510 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fgf2-208ENSMUST00000200585 5973 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Sema6b-201ENSMUST00000001256 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ctnna2-205ENSMUST00000161846 4018 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mrpl13-205ENSMUST00000172387 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.5 ms