Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 DPY19L2P2-203ENST00000435536 1858 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 C12orf60-201ENST00000330828 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ERC2-201ENST00000288221 6138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AP001273.1-201ENST00000624493 3152 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 DEFB108B-201ENST00000328698 222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 DEFB108F-201ENST00000344638 222 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-227P-201ENST00000362865 103 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.199-201ENST00000364014 102 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.245-201ENST00000364493 95 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNORA2.3-201ENST00000383920 135 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.581-201ENST00000391017 97 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL079342.1-201ENST00000401460 267 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL117337.1-201ENST00000412789 444 ntTSL 3 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL590139.1-201ENST00000416267 400 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC079790.1-201ENST00000420365 507 ntTSL 3 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 BX679664.1-201ENST00000434429 253 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CXorf51B-201ENST00000438525 436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPS29P9-201ENST00000440360 171 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PIGFP3-201ENST00000441918 722 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC013470.1-201ENST00000453438 462 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 OR7H2P-201ENST00000513483 306 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-255P-201ENST00000516957 105 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR2355-201ENST00000517199 87 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL929601.2-201ENST00000549951 381 ntTSL 4 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC005476.1-201ENST00000554427 397 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL355095.1-201ENST00000554451 539 ntTSL 2 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPL23AP78-201ENST00000599928 470 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC010620.2-201ENST00000600135 313 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC005046.1-201ENST00000608515 625 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 uc_338.18-201ENST00000615451 175 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC240442.1-201ENST00000616055 283 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LRIF1-203ENST00000494675 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MLH3-210ENST00000556257 4229 ntTSL 5 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC104623.2-202ENST00000623477 4002 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 OBSCN-204ENST00000366707 26772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CEP97-201ENST00000341893 8361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 STON1-GTF2A1L-203ENST00000402114 3790 ntTSL 2 BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ARHGEF6-203ENST00000370622 4779 ntTSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PPIG-201ENST00000260970 6368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 IL31RA-204ENST00000396834 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 TFPI-203ENST00000392365 3649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CLVS1-205ENST00000519846 3622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC092447.5-201ENST00000429367 2741 ntTSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 Z94721.2-201ENST00000609590 5310 ntTSL 2 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SNORD113-8-201ENST00000363497 74 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNA5SP235-201ENST00000365411 114 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-378P-201ENST00000384324 107 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GAS5-208ENST00000425771 242 ntTSL 3 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC009238.2-201ENST00000431026 355 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL445305.1-201ENST00000432577 575 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC006463.2-201ENST00000473326 348 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL319P-201ENST00000480656 221 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL160314.1-201ENST00000490836 438 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 BTBD11-206ENST00000494235 811 ntTSL 2 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC107393.1-201ENST00000512403 346 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC092440.1-201ENST00000512563 571 ntTSL 4 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 THEM7P-202ENST00000525689 764 ntTSL 3 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC068789.1-201ENST00000547942 577 ntTSL 2 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC023034.1-201ENST00000558141 518 ntTSL 3 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR3667-201ENST00000581025 74 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL645944.1-201ENST00000603857 493 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 UBE2E2-207ENST00000628311 267 ntTSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC116096.1-201ENST00000566804 2314 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 Z95331.1-201ENST00000623075 23112 ntBASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZNF765-201ENST00000396408 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZPLD1-202ENST00000466937 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SMC2-203ENST00000374793 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SULF1-204ENST00000458141 5551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GHR-202ENST00000357703 4316 ntTSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FAM46D-202ENST00000538312 3106 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 NBPF14-206ENST00000614999 10080 ntTSL 5 BASIC5.21□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FAP-214ENST00000627638 2569 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL592182.3-201ENST00000642132 3304 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MED12L-201ENST00000273432 6401 ntTSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC011604.2-202ENST00000540229 2451 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 HEATR5A-203ENST00000543095 7840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GABRG2-217ENST00000639384 5360 ntTSL 5 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GRID2-208ENST00000611049 4844 ntTSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GTSF1L-202ENST00000373005 459 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 DEFB119-203ENST00000376321 457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-629P-201ENST00000384061 103 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-937P-201ENST00000384325 106 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR192-201ENST00000384915 110 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SKP16-201ENST00000410180 299 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR2AH1P-201ENST00000425717 928 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL606753.1-201ENST00000427435 87 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPL21P40-201ENST00000428586 483 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC007389.2-201ENST00000434630 306 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 NDUFB4P10-201ENST00000452541 359 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 IFNWP4-201ENST00000453148 294 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL445465.2-201ENST00000455530 461 ntTSL 2 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPS29P33-201ENST00000456717 146 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPL23AP24-201ENST00000458203 385 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL860P-201ENST00000473738 223 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC139453.3-201ENST00000493276 369 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ANXA2P1-201ENST00000505539 926 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 TBCA-207ENST00000520039 157 ntTSL 3 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MAL2-206ENST00000522187 547 ntTSL 4 BASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 BNIP3P1-201ENST00000547295 580 ntBASIC5.2□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL132712.2-201ENST00000556653 127 ntTSL 3 BASIC5.2□□□□□ -1.58
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