Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GABRG1-201ENST00000295452 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ZNF534-202ENST00000332323 2086 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 NCAPGP1-201ENST00000505112 1814 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PRTG-201ENST00000389286 11967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC008691.1-207ENST00000636819 4154 ntTSL 5 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LINC02389-201ENST00000535058 3546 ntTSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MYBPC1-205ENST00000536007 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MYBPC1-206ENST00000541119 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 UBXN7-201ENST00000296328 10568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ZNF181-203ENST00000459757 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 snoU2_19.2-201ENST00000363024 80 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNA5SP123-201ENST00000363244 119 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNA5SP90-201ENST00000364801 99 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-1074P-201ENST00000383995 104 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP216-201ENST00000411050 312 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNORD56-201ENST00000413522 71 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL136368.1-201ENST00000416249 401 ntTSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL691426.1-201ENST00000416507 509 ntTSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPL7AP49-201ENST00000429522 581 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL591438.1-201ENST00000433508 581 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PARGP1-202ENST00000440803 790 ntTSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 HSPE1P6-201ENST00000479457 291 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC093909.2-201ENST00000505178 437 ntTSL 3 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC024592.1-202ENST00000590441 341 ntTSL 3 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC098826.3-201ENST00000603823 466 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 DLEU1_1.1-201ENST00000618107 190 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC087385.3-201ENST00000620477 187 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP001005.3-201ENST00000622049 129 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MGAT4C-207ENST00000552808 1937 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL049555.1-201ENST00000562834 1933 ntBASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SLC16A9-201ENST00000395347 3646 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 APAF1-209ENST00000550527 6581 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PARD3B-212ENST00000613457 7559 ntTSL 5 BASIC5.38□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SMG1P6-201ENST00000532337 2930 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP001148.1-201ENST00000624124 2359 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PDE4D-205ENST00000360047 3122 ntTSL 1 (best) BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 HSPA8P1-201ENST00000425843 1833 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 EMSY-204ENST00000524490 4015 ntTSL 2 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 WDR17-204ENST00000507824 4119 ntTSL 5 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 C15orf41-212ENST00000567389 2618 ntTSL 1 (best) BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 OR8A1-203ENST00000641670 5709 ntAPPRIS P1 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 FANCD2-202ENST00000383807 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MT-CO2-201ENST00000361739 684 ntAPPRIS P1 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.27-201ENST00000362540 103 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU5A-1-201ENST00000362698 116 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP227-201ENST00000364445 330 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.277-201ENST00000364754 102 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-384P-201ENST00000364900 104 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-1025P-201ENST00000410629 104 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP000275.1-201ENST00000411943 390 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL158156.1-201ENST00000422509 473 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPS29P10-201ENST00000439197 166 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC104332.1-201ENST00000440471 797 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC096644.1-201ENST00000446169 390 ntTSL 3 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL513124.1-201ENST00000450410 614 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC026316.2-201ENST00000473110 263 ntTSL 3 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPL30P10-201ENST00000488148 337 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC010469.2-201ENST00000496412 480 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC109927.1-202ENST00000511951 282 ntTSL 3 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC067942.3-201ENST00000512025 362 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNORA31.6-201ENST00000516241 130 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP260-201ENST00000516907 149 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LINC01859-201ENST00000565584 1024 ntTSL 1 (best) BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PRPF19P1-201ENST00000584766 898 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC002545.1-201ENST00000592511 181 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL162431.4-201ENST00000604674 411 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC087783.2-201ENST00000605070 562 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR6820-201ENST00000611508 62 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC091905.4-201ENST00000623432 202 ntBASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 B3GNT5-201ENST00000326505 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 NBPF9-208ENST00000621074 4302 ntTSL 5 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SLC15A5-201ENST00000344941 2923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.37□□□□□ -1.55
USP4Q13107 TRIM69-201ENST00000329464 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 XIST-204ENST00000429829 19275 ntTSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ZEB1-205ENST00000446923 6267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SLCO1A2-201ENST00000307378 7682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-1167P-201ENST00000363227 94 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.352-201ENST00000365439 102 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNORD115-46-201ENST00000390982 71 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL592148.1-201ENST00000413568 445 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC012370.1-201ENST00000419244 530 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC004824.1-201ENST00000439577 311 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPL34P20-201ENST00000442771 351 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LINC01005-202ENST00000451440 531 ntTSL 4 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC087190.1-201ENST00000484462 480 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC107032.1-201ENST00000485945 480 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL049874.1-201ENST00000489560 388 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LINC02110-201ENST00000503870 546 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC116563.1-201ENST00000505454 396 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC010420.1-201ENST00000515077 509 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.713-201ENST00000517013 96 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC091144.1-201ENST00000519573 138 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC025871.1-201ENST00000523935 443 ntTSL 2 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC021006.3-201ENST00000530771 192 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC073525.1-201ENST00000549762 543 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC103996.1-201ENST00000555468 102 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC069029.1-201ENST00000558736 263 ntTSL 2 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC022968.1-201ENST00000567372 442 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR3934-201ENST00000579806 107 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 L34079.2-201ENST00000597119 561 ntTSL 3 BASIC5.36□□□□□ -1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.1 ms