Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Ccdc3Q9D6Y1 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
Ccdc3Q9D6Y1 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc3Q9D6Y1 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.7 ms