Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC39.06■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC39.05■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC39.05■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC39.03■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.02■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.02■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.99■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC38.99■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.98■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.96■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.96■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC38.95■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC38.95■■■■□ 3.83
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC38.93■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC38.92■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC38.92■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC38.91■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC38.91■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC38.91■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC38.89■■■■□ 3.82
Ccdc88bQ4QRL3 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC38.88■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC38.86■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC38.86■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC38.85■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC38.84■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.84■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.82■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC38.82■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.82■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.82■■■■□ 3.81
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC38.82■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC38.79■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC38.79■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.78■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.76■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.76■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC38.76■■■■□ 3.8
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC38.75■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC38.75■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.74■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC38.74■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.72■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.7■■■■□ 3.79
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC38.69■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC38.69■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC38.68■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC38.68■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC38.64■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.6■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC38.6■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC38.6■■■■□ 3.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.9 ms