Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RPL23AP31-201ENST00000456160 467 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL37P6-201ENST00000460682 294 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC117462.1-201ENST00000461186 554 ntTSL 4 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RN7SL222P-201ENST00000476452 299 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RN7SL447P-201ENST00000494711 245 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC083829.1-201ENST00000503756 657 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 FTH1P9-201ENST00000513251 355 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RN7SKP40-201ENST00000517211 242 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ERHP1-201ENST00000523006 310 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC103855.1-201ENST00000525926 564 ntTSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC013799.1-201ENST00000531157 348 ntTSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-85P-201ENST00000605989 107 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL161616.1-201ENST00000611867 286 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL138825.1-201ENST00000618587 192 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC008669.1-201ENST00000565823 2178 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 THAP12P5-201ENST00000405864 2275 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 VPS41-203ENST00000395969 3181 ntTSL 5 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LIMA1-215ENST00000552823 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 G3BP1-202ENST00000394123 10240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CNTN5-207ENST00000527185 4303 ntTSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 KTN1-202ENST00000395308 4134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF780A-204ENST00000455521 3600 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SDAD1-203ENST00000395711 2513 ntTSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF559-ZNF177-201ENST00000434737 2340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 IGF2BP2-AS1-202ENST00000456447 1531 ntTSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZEB1-219ENST00000560721 3368 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC104964.3-201ENST00000606115 2860 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SRGAP1-201ENST00000355086 23331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RIMS1-206ENST00000425662 2799 ntTSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 IL1RAP-205ENST00000412504 4875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MTERF1-201ENST00000351870 1997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RYR3-209ENST00000634418 15078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ADGRL2-222ENST00000627151 5789 ntTSL 5 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF492-201ENST00000456783 4245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.60-201ENST00000362831 98 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNY3P11-201ENST00000364153 102 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SNORA20.1-201ENST00000364790 130 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.376-201ENST00000365638 108 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.477-201ENST00000384352 108 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SNORA70-201ENST00000384436 135 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR223-201ENST00000385204 110 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU2-38P-201ENST00000410856 79 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC079809.1-201ENST00000415468 276 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL21P90-201ENST00000415692 466 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ELOCP20-201ENST00000422460 345 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 FSIP2-AS1-201ENST00000429929 440 ntTSL 3 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC004866.2-201ENST00000438285 481 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LINC01698-201ENST00000443636 727 ntTSL 3 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 FTH1P2-201ENST00000466086 412 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 TM4SF1-AS1-202ENST00000496491 754 ntTSL 2 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MTND1P19-201ENST00000511780 315 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC100807.1-201ENST00000517640 552 ntTSL 5 BASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 MAL2-201ENST00000522112 573 ntTSL 4 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC087664.2-201ENST00000522898 551 ntTSL 4 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 OR5D17P-201ENST00000531492 978 ntBASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 AC105265.3-202ENST00000610188 459 ntTSL 5 BASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 ZNF782-208ENST00000535338 3296 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DNAH12-203ENST00000389536 2613 ntTSL 5 BASIC5.73□□□□□ -1.49
USP4Q13107 EMSY-206ENST00000525038 4376 ntTSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 GHR-210ENST00000615111 4814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 OR56A5-201ENST00000340110 738 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 GEN1-202ENST00000381254 6367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.515-201ENST00000384535 112 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.577-201ENST00000384794 101 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL11P3-201ENST00000395256 523 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR937-201ENST00000401271 86 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC092675.1-201ENST00000409490 561 ntTSL 4 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RBMY1KP-201ENST00000423480 476 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC008065.1-201ENST00000428525 348 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL158835.2-201ENST00000430970 300 ntTSL 2 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 TTTY20-201ENST00000434487 259 ntTSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 GPC6-AS2-201ENST00000445540 587 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LINC01422-203ENST00000447149 509 ntTSL 4 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC105399.1-202ENST00000447303 205 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL365271.1-201ENST00000448909 603 ntTSL 3 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC034195.1-202ENST00000451031 610 ntTSL 3 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 OR2AQ1P-201ENST00000451972 200 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MTCO3P8-201ENST00000453691 755 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL21P41-201ENST00000459863 264 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC091180.1-201ENST00000462104 372 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AP000942.1-201ENST00000463969 747 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LINC01206-203ENST00000476815 482 ntTSL 3 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ODF2L-216ENST00000486215 311 ntTSL 2 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC069113.1-201ENST00000517763 267 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 OR56A5-202ENST00000532411 942 ntAPPRIS P1 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC046130.2-201ENST00000537655 794 ntTSL 3 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SOX5-AS1-201ENST00000539583 573 ntTSL 4 BASIC5.72□□□□□ -1.49
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