Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Slc16a3-202ENSMUST00000100130 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ptpro-203ENSMUST00000167679 5096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Eif2ak3-201ENSMUST00000034093 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Katnbl1-201ENSMUST00000028552 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Mrpl39-201ENSMUST00000116584 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Coro1a-201ENSMUST00000032949 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Trim67-202ENSMUST00000167588 8735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm27525-201ENSMUST00000184465 107 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Arhgap33-206ENSMUST00000208522 781 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Slc30a10-201ENSMUST00000061093 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ptprd-206ENSMUST00000107289 9899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Smad3-201ENSMUST00000034973 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Cask-203ENSMUST00000115436 8260 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Bcor-203ENSMUST00000115512 6887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm11906-201ENSMUST00000124792 680 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nudt21-204ENSMUST00000212981 1184 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gas6-201ENSMUST00000033828 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ggnbp2-201ENSMUST00000018547 2478 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Evx1-201ENSMUST00000031787 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Epm2a-201ENSMUST00000069106 3287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gsk3b-201ENSMUST00000023507 8303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Fosl1-201ENSMUST00000025850 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Dlx1-201ENSMUST00000037119 4111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Adam22-201ENSMUST00000046838 2773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nmnat3-201ENSMUST00000112935 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kif5b-201ENSMUST00000025083 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Nfs1-202ENSMUST00000109600 709 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Cd82-204ENSMUST00000111257 1003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gm27002-201ENSMUST00000182789 620 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rln3-201ENSMUST00000061923 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Il6st-206ENSMUST00000183886 3004 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Kcnq2-205ENSMUST00000103048 2827 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Mms22l-202ENSMUST00000108222 4478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Rrbp1-201ENSMUST00000016072 5177 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Stam-202ENSMUST00000102960 5000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Zranb2-203ENSMUST00000106058 2924 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ShhQ62226 Pcbp4-201ENSMUST00000024260 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.7 ms