Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Srrm2-209ENSMUST00000190686 8864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mindy4-203ENSMUST00000204842 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mvp-202ENSMUST00000165096 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rundc3b-201ENSMUST00000047485 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Chpf-201ENSMUST00000079205 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rsrc1-205ENSMUST00000161726 3213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Sh2d4a-201ENSMUST00000066594 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Espn-212ENSMUST00000105658 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rffl-206ENSMUST00000108173 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ruvbl2-205ENSMUST00000211214 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Fam214b-204ENSMUST00000107958 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mbp-206ENSMUST00000102812 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tpm3-202ENSMUST00000118566 2190 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Taf6l-206ENSMUST00000176610 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Casp2-201ENSMUST00000031895 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tmem65-201ENSMUST00000072113 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ofd1-201ENSMUST00000049501 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tjp3-201ENSMUST00000045744 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Prob1-201ENSMUST00000097619 3021 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rffl-202ENSMUST00000071152 3633 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Pcmt1-208ENSMUST00000162606 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Dand5-201ENSMUST00000065539 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Fam110a-201ENSMUST00000062047 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Lrrc14-202ENSMUST00000127208 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Usp4P35123 C130073E24Rik-201ENSMUST00000210222 6144 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Usp4P35123 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms