Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Mier2-203ENSMUST00000165028 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Psen2-205ENSMUST00000111108 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Tjp3-201ENSMUST00000045744 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Timp2-201ENSMUST00000017610 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ddx28Q9CWT6 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Slc30a2-201ENSMUST00000081094 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Arhgap44-201ENSMUST00000047463 4074 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Aifm1-202ENSMUST00000114945 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Cxxc5-201ENSMUST00000060722 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 2010007H06Rik-202ENSMUST00000186025 4934 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Fyn-201ENSMUST00000063091 3562 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Tead3-206ENSMUST00000156862 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Ccdc13-202ENSMUST00000135986 2640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Cep85l-205ENSMUST00000220443 7425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Ddn-201ENSMUST00000075444 3740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Plcl2-201ENSMUST00000043938 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Kcnc1-201ENSMUST00000025202 7760 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Cdk18-201ENSMUST00000027697 4355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gfod1-201ENSMUST00000055341 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Btaf1-201ENSMUST00000099494 7204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Nsmce3-201ENSMUST00000094331 5946 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Synm-204ENSMUST00000208231 4457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Nabp1-205ENSMUST00000186684 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Adam15-202ENSMUST00000074582 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 E330009J07Rik-202ENSMUST00000101492 6742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Sybu-201ENSMUST00000090057 3230 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Ddx28Q9CWT6 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms