Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 PSD3-204ENST00000440756 11690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MGAM2-201ENST00000477922 7867 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SSH2-201ENST00000269033 9327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 OR2M2-201ENST00000359682 1044 ntAPPRIS P1 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.80-201ENST00000362996 102 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TEX35-205ENST00000367643 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.389-201ENST00000383924 113 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.496-201ENST00000384444 101 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.556-201ENST00000384677 113 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TRDJ1-201ENST00000390473 51 ntAPPRIS P1 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.645-201ENST00000391229 102 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL590666.1-201ENST00000428641 433 ntTSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPL12P17-201ENST00000432393 498 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPS12P17-201ENST00000438591 377 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC00415-201ENST00000439079 435 ntTSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC01891-201ENST00000439798 538 ntTSL 4 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 KRTAP8-2P-201ENST00000440620 186 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL353804.1-201ENST00000444482 451 ntTSL 5 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC005871.1-201ENST00000450247 475 ntTSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL157371.1-201ENST00000451910 394 ntTSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DYNLL1P5-201ENST00000467158 270 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CEP170-216ENST00000490813 1070 ntTSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC026782.1-201ENST00000512952 449 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ATP5LP3-201ENST00000514223 304 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.670-201ENST00000516255 105 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 IGLVIV-53-201ENST00000520107 367 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC018793.4-201ENST00000524542 585 ntAPPRIS P1 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RANP3-201ENST00000530970 276 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 OR8R1P-201ENST00000543943 764 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC02286-201ENST00000552425 285 ntTSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC023034.1-202ENST00000558153 684 ntTSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC007225.2-201ENST00000562529 256 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PINLYP-205ENST00000569031 557 ntTSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC008521.1-201ENST00000587471 187 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR132-201ENST00000591554 101 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL589765.7-201ENST00000601684 629 ntTSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 NADK2-211ENST00000617628 744 ntTSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR6826-201ENST00000617808 98 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 OR52B4-201ENST00000624801 1124 ntAPPRIS P1 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC091925.2-201ENST00000625059 256 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC018793.1-201ENST00000638166 585 ntAPPRIS P1 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC01581-202ENST00000558874 3173 ntTSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MAPK10-328ENST00000641553 4009 ntBASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DSC2-202ENST00000280904 12325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SPARCL1-202ENST00000418378 2994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 UGT2A1-206ENST00000514019 2376 ntTSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF436-201ENST00000314011 4071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PCLO-201ENST00000333891 20329 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MNS1-201ENST00000260453 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CLMN-201ENST00000298912 12747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF345-213ENST00000589046 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF345-215ENST00000614069 3103 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.08□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ATF7IP2-201ENST00000324570 3396 ntTSL 5 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ITCH-201ENST00000262650 3089 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CSNK1G1-204ENST00000606793 1658 ntTSL 5 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 C11orf65-208ENST00000615746 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC01021-204ENST00000512067 1610 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 THAP12P9-201ENST00000503971 2360 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MATR3-230ENST00000394800 5513 ntTSL 5 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 BBOX1-202ENST00000525090 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CRNDE-212ENST00000613942 2601 ntTSL 5 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 GPR85-202ENST00000424100 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 C1orf100-202ENST00000366537 483 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AIF1-202ENST00000376049 524 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SNORD70.1-201ENST00000391007 85 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 NDUFS5P1-201ENST00000405668 289 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPL7P10-201ENST00000417407 739 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL513365.2-201ENST00000423060 529 ntTSL 2 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CALM2P2-201ENST00000428512 440 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC236972.1-201ENST00000433225 199 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC092013.1-201ENST00000438795 332 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL663074.2-201ENST00000440621 479 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 KRTAP21-3-201ENST00000444335 253 ntAPPRIS P1 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL596266.1-201ENST00000448132 400 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SUMO1P2-201ENST00000452524 304 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC022215.1-201ENST00000481770 362 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AP002812.1-201ENST00000495378 474 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC107222.1-201ENST00000510899 637 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC02432-203ENST00000511213 719 ntTSL 2 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC113349.1-201ENST00000512105 583 ntTSL 4 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU1-54P-201ENST00000517181 120 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC079209.1-202ENST00000521953 522 ntTSL 3 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AP000873.2-203ENST00000528524 549 ntTSL 2 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL121576.1-201ENST00000556055 276 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC124068.1-201ENST00000563131 678 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC026464.3-201ENST00000563634 564 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR3941-201ENST00000582572 103 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR5692C1-201ENST00000585309 91 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC008162.1-201ENST00000604718 254 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL451044.1-201ENST00000604867 238 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL670379.4-201ENST00000605279 254 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 U2.17-201ENST00000611454 95 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DLEU2_5.1-201ENST00000615567 84 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC007842.1-201ENST00000597336 2039 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 EXOC5P1-201ENST00000510543 1969 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SLC4A4-202ENST00000340595 7640 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ADAM29-202ENST00000404450 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ESRRG-206ENST00000366938 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CNGA1-202ENST00000402813 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
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