Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Gm10435-202ENSMUST00000162526 2878 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Nrsn1-204ENSMUST00000167305 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Yes1-205ENSMUST00000202543 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
Trim39Q9ESN2 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gxylt2-201ENSMUST00000032157 7658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Phactr2-203ENSMUST00000105545 8556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Ppp2r5e-201ENSMUST00000021447 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Foxg1-204ENSMUST00000179669 3973 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Bmp8b-201ENSMUST00000002457 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Adcy3-207ENSMUST00000152065 4728 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Appbp2-201ENSMUST00000018625 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
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Trim39Q9ESN2 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Id1-201ENSMUST00000038368 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Rab35-201ENSMUST00000031492 2820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim39Q9ESN2 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.5 ms