Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Ccni-201ENSMUST00000058550 2804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Kmt5b-202ENSMUST00000052699 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17971-201ENSMUST00000190239 806 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Ccdc39Q9D5Y1 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Stk39-201ENSMUST00000102715 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Dag1-201ENSMUST00000080435 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Acss2-201ENSMUST00000029135 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Kctd9-205ENSMUST00000152243 2528 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 4930515G01Rik-201ENSMUST00000173208 1247 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Scarf2-201ENSMUST00000012161 3302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp746-201ENSMUST00000073124 3651 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gnb2-203ENSMUST00000111023 1471 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26825-201ENSMUST00000181751 2026 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Ccdc39Q9D5Y1 Jam2-201ENSMUST00000098407 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.8 ms